5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diethylamino)[(N-tert-butylaminocarbonyl)methyloxy]phosphinylthymidine | 471878-68-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diethylamino)[(N-tert-butylaminocarbonyl)methyloxy]phosphinylthymidine
• 英文别名: 2-[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-(diethylamino)phosphanyl]oxy-N-tert-butylacetamide
• CAS: 471878-68-9
• 化学式: C₄₁H₅₃N₄O₉P
• 分子量: 776.867
• InChiKey: WEUPEULJPNAYAJ-UWUXBXRFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.4
• 重原子数：
  55
• 可旋转键数：
  18
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  137
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diethylamino)[(N-tert-butylaminocarbonyl)methyloxy]phosphinylthymidine 、 alkaline earth salt of/the/ methylsulfuric acid 生成 N-tert-butyl-2-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-[(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxyphosphinothioyl]oxyacetamide
  参考文献：
  名称：

  3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基是有吸引力的磷酸酯/硫代磷酸酯保护基，用于固相寡聚脱氧核糖核苷酸合成。

  摘要：

  在适用于固相寡核苷酸合成的各种磷酸酯/硫代磷酸酯保护基中，3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基是最方便的基团之一，因为可以根据需要在热解下容易地将其除去。 pH中性条件。脱保护反应通过涉及酰胺功能的分子内环脱酯反应迅速进行（t（1/2）约100 s），并以2-（叔丁基亚氨基）四氢呋喃盐形式释放出磷酸/硫代磷酸酯基。使用廉价的原料将3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基结合到脱氧核糖核苷亚磷酰胺1a-d中。1a-d在d（ATCCGTAGCTAAGGTCATGC）及其硫代磷酸酯类似物的固相合成中的偶联效率与市售的2-氰基乙基脱氧核糖核苷亚磷酰胺相当。将这些寡核苷酸在磷酸盐缓冲盐水（PBS缓冲液，pH 7.2）中于90摄氏度加热30分钟后，将其磷酸盐/硫代磷酸盐去保护。由于没有可检测到的核碱基修饰或明显的硫代磷酸酯脱硫发生，因此3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基代表了2-氰乙基对于大规模制备治疗性寡核苷酸的有吸引力的替代方案。

  DOI：

  10.1021/jo0258608
• 作为产物：
  描述：

  保护胸苷 在 diethylammonium tetrazolide 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 8.33h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diethylamino)[(N-tert-butylaminocarbonyl)methyloxy]phosphinylthymidine
  参考文献：
  名称：

  3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基是有吸引力的磷酸酯/硫代磷酸酯保护基，用于固相寡聚脱氧核糖核苷酸合成。

  摘要：

  在适用于固相寡核苷酸合成的各种磷酸酯/硫代磷酸酯保护基中，3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基是最方便的基团之一，因为可以根据需要在热解下容易地将其除去。 pH中性条件。脱保护反应通过涉及酰胺功能的分子内环脱酯反应迅速进行（t（1/2）约100 s），并以2-（叔丁基亚氨基）四氢呋喃盐形式释放出磷酸/硫代磷酸酯基。使用廉价的原料将3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基结合到脱氧核糖核苷亚磷酰胺1a-d中。1a-d在d（ATCCGTAGCTAAGGTCATGC）及其硫代磷酸酯类似物的固相合成中的偶联效率与市售的2-氰基乙基脱氧核糖核苷亚磷酰胺相当。将这些寡核苷酸在磷酸盐缓冲盐水（PBS缓冲液，pH 7.2）中于90摄氏度加热30分钟后，将其磷酸盐/硫代磷酸盐去保护。由于没有可检测到的核碱基修饰或明显的硫代磷酸酯脱硫发生，因此3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基代表了2-氰乙基对于大规模制备治疗性寡核苷酸的有吸引力的替代方案。

  DOI：

  10.1021/jo0258608

文献信息

• The 3-(<i>N</i>-<i>tert</i>-Butylcarboxamido)-1-propyl Group as an Attractive Phosphate/Thiophosphate Protecting Group for Solid-Phase Oligodeoxyribonucleotide Synthesis
  作者：Andrzej Wilk、Marcin K. Chmielewski、Andrzej Grajkowski、Lawrence R. Phillips、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/jo0258608

  日期：2002.9.1

  Among the various phosphate/thiophosphate protecting groups suitable for solid-phase oligonucleotide synthesis, the 3-(N-tert-butylcarboxamido)-1-propyl group is one of the most convenient, as it can be readily removed, as needed, under thermolytic conditions at neutral pH. The deprotection reaction proceeds rapidly (t(1/2) approximately 100 s) through an intramolecular cyclodeesterification reaction

  在适用于固相寡核苷酸合成的各种磷酸酯/硫代磷酸酯保护基中，3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基是最方便的基团之一，因为可以根据需要在热解下容易地将其除去。 pH中性条件。脱保护反应通过涉及酰胺功能的分子内环脱酯反应迅速进行（t（1/2）约100 s），并以2-（叔丁基亚氨基）四氢呋喃盐形式释放出磷酸/硫代磷酸酯基。使用廉价的原料将3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基结合到脱氧核糖核苷亚磷酰胺1a-d中。1a-d在d（ATCCGTAGCTAAGGTCATGC）及其硫代磷酸酯类似物的固相合成中的偶联效率与市售的2-氰基乙基脱氧核糖核苷亚磷酰胺相当。将这些寡核苷酸在磷酸盐缓冲盐水（PBS缓冲液，pH 7.2）中于90摄氏度加热30分钟后，将其磷酸盐/硫代磷酸盐去保护。由于没有可检测到的核碱基修饰或明显的硫代磷酸酯脱硫发生，因此3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基代表了2-氰乙基对于大规模制备治疗性寡核苷酸的有吸引力的替代方案。