2'-O-pivaloyloxymethyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite) | 1097131-15-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2'-O-pivaloyloxymethyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)
• 英文别名: [(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxy-2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxymethyl 2,2-dimethylpropanoate
• CAS: 1097131-15-1
• 化学式: C₄₅H₅₇N₄O₁₁P
• 分子量: 860.942
• InChiKey: CWFIVBQKXNPXJJ-WXSPLRIASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.2
• 重原子数：
  61
• 可旋转键数：
  22
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.47
• 拓扑面积：
  167
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-DMT-T supported on highly crosslinked polystyrene with hydroquinone-O,O'-diacetic acid linker 、 2'-O-pivaloyloxymethyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite) 在 二氯乙酸 、 5-苄硫基四氮唑 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.07h， 以96.9%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  评估新的2'- O-乙缩醛保护基团用于常规RNA合成和原始2'-修饰的proRNA

  摘要：

  评估了新的对碱基不稳定的酰氧基甲基，以保护核糖核苷酸的2'-OH功能以进行常规RNA合成，从而缩短了氨气的脱保护步骤。这些相同的乙缩醛基团在2'-修饰的proRNA中评估为生物不稳定性2'-保护，可被细胞酶清除以产生亲本RNA。在细胞提取物中研究了2'-修饰的尿苷原酸酯的去掩蔽。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2009.06.015
• 作为产物：
  描述：

  2'-O-pivaloyloxymethyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 以81%的产率得到2'-O-pivaloyloxymethyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  核糖核苷2'-OH保护的弱碱基团：RNA合成的主要挑战。

  摘要：

  DOI：

  10.1002/chem.200801392

文献信息

• [EN] 2'-MODIFIED NUCLEOSIDE BASED OLIGONUCLEOTIDE PRODRUGS<br/>[FR] PROMÉDICAMENTS OLIGONUCLÉOTIDIQUES À BASE DE NUCLÉOSIDES MODIFIÉS EN 2'
  申请人：[en]ALNYLAM PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：WO2022147223A2

  公开（公告）日：2022-07-07

  This invention relates to an oligonucleotide comprising one or more 2'-modified nucleosides, wherein the 2'-position of the nucleoside has a structure of formula (I). The invention also relates to a pharmaceutical composition comprising the oligonucleotide described herein and a method of reducing or inhibiting the expression of a target gene by administering to the subject a therapeutically effective amount of the oligonucleotide described herein. The invention also relates to a method of bioactivating an oligonucleotide comprising one or more 2'-modified nucleosides, wherein the 2'-position of the nucleoside is modified by a bio-cleavable linking group, wherein the bio-cleavable linking group comprises acetal, disulfide, carbamate, amide, sulfonamide, a biocleavable carbohydrate linker, or combinations thereof, said method comprising the step of: exposing the oligonucleotide to a physiological condition that causes the bio-cleavable linking group to be cleaved from the 2'-modified nucleoside, thereby regenerating the 2'-OH group of the nucleoside.