2'-amino-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N4-(allyloxycarbonylaminoethyl)cytidine | 1528642-23-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2'-amino-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N4-(allyloxycarbonylaminoethyl)cytidine
• CAS: 1528642-23-0
• 化学式: C₄₂H₅₅N₅O₈Si
• 分子量: 786.013
• InChiKey: ZLASAPOEOSMLTG-DOVDTPAYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.18±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.21
• 重原子数：
  56.0
• 可旋转键数：
  17.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  157.42
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  12.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-amino-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N4-(allyloxycarbonylaminoethyl)cytidine 在 二异丙基铵盐四氮唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氯乙酸 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 29.36h， 生成 [N4-(N-allyloxycarbonyl-2-aminoethyl)-(2'-anthraquinone-2-ylcarboxamido)-3'-O-(tertbutyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine-5'-yl]-O-2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  三管齐下的探针：与帽，β-丙氨酸和寡吡咯酰胺的高亲和力DNA结合

  摘要：

  TPP寡核苷酸：提供了杂交探针，可通过碱基配对，在末端堆叠以及在小沟中结合来询问靶序列（见图）。探针的所有亚基均有助于靶标亲和力，导致熔点升高至45°C。（TPP =三叉探头）

  DOI：

  10.1002/chem.201302972
• 作为产物：
  描述：

  2'-azido-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N4-(allyloxycarbonylaminoethyl)cytidine 在 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 12.0h， 以95%的产率得到2'-amino-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N4-(allyloxycarbonylaminoethyl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  三管齐下的探针：与帽，β-丙氨酸和寡吡咯酰胺的高亲和力DNA结合

  摘要：

  TPP寡核苷酸：提供了杂交探针，可通过碱基配对，在末端堆叠以及在小沟中结合来询问靶序列（见图）。探针的所有亚基均有助于靶标亲和力，导致熔点升高至45°C。（TPP =三叉探头）

  DOI：

  10.1002/chem.201302972