5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}-1'-deoxy-1'-(2,4-difluorotoluene)-β-D-ribofuranose 3'-O-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite) | 1093268-44-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}-1'-deoxy-1'-(2,4-difluorotoluene)-β-D-ribofuranose 3'-O-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
• CAS: 1093268-44-0
• 化学式: C₅₂H₇₁F₂N₂O₈PSi
• 分子量: 949.2
• InChiKey: AEJPYRQKKXVXCM-WTPNSTTQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  12.93
• 重原子数：
  66.0
• 可旋转键数：
  24.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.52
• 拓扑面积：
  100.87
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}-1'-deoxy-1'-(2,4-difluorotoluene)-β-D-ribofuranose 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 二甲基十二/十四烷基叔胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.5h， 以84%的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}-1'-deoxy-1'-(2,4-difluorotoluene)-β-D-ribofuranose 3'-O-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  ¹⁹F NMR Spectroscopy for the Analysis of RNA Secondary Structure Populations

  摘要：

  Labeling of RNA with site-specific fluorine atoms has become straightforward in recent years and in particular has become an integrated part of engineered functional RNA with therapeutic potential, e.g. for siRNA technologies. Here, we demonstrate that temperature-dependent one-dimensional F-19 NMR spectroscopy of oligoribonucleotides is a powerful tool to obtain direct information on the conformational behavior. The approach is particularly useful for the quantification of monomolecular vs bimolecular secondary structure equilibria.

  DOI：

  10.1021/ja806716s