N-((2R,3R)-1-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)-3-hydroxybutan-2-yl)-2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)acetamide | 415711-30-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N-((2R,3R)-1-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)-3-hydroxybutan-2-yl)-2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)acetamide
• 英文别名: 2-(1,3-dihydro-5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-N-{1-{[(4,4'-dimethoxytrityl)oxy]methyl}-2-hydroxypropyl}acetamide
• CAS: 415711-30-7
• 化学式: C₃₂H₃₅N₃O₇
• 分子量: 573.646
• InChiKey: VJYVSDQKMLBQLR-SKCUWOTOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.74
• 重原子数：
  42.0
• 可旋转键数：
  12.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  131.88
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 N-((2R,3R)-1-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)-3-hydroxybutan-2-yl)-2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)acetamide 在 吡啶 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.5h， 以91%的产率得到2-cyanoethyl 2-{[2-(1,3-dihydro-5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-1-oxoethyl]amino}-3-[(4,4'-dimethoxytrityl)oxy]-1-methylpropyl diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  RNA/aTNA Chimeras: RNAi Effects and Nucleases Resistance of Single and Double Stranded RNAs

  摘要：

  RNA 干扰途径（RNAi）是一种特殊而强大的生物过程，由非编码 RNA 小分子触发，参与基因表达调控。在这项工作中，我们探索了用无环 L-苏氨醇骨架取代天然核糖环以提高这些 RNA 分子生物稳定性的可能性。我们特别在寡核苷酸链的某些位置加入了这种修饰，并对其对 siRNA 生物特性的影响进行了评估。体外细胞 RNAi 试验表明，无论是双链还是单链，RNAi 机制都能很好地耐受 L-苏氨醇骨架，其活性明显高于未修饰的 RNA，与众所周知的硫代磷酸酯修饰相当。此外，这种修饰还具有极强的抗血清和 3′/5′-外切酶的能力。鉴于这些结果，我们将这种修饰用于敲除与治疗相关的人类基因，如载脂蛋白 B（ApoB）。对先天性免疫系统激活的进一步研究表明，L-苏氨醇修饰的 RNA 比未修饰的 RNA 的刺激性略低。

  DOI：

  10.3390/molecules191117872
• 作为产物：
  描述：

  在 吡啶 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 9.5h， 生成 N-((2R,3R)-1-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)-3-hydroxybutan-2-yl)-2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)acetamide
  参考文献：
  名称：

  RNA/aTNA Chimeras: RNAi Effects and Nucleases Resistance of Single and Double Stranded RNAs

  摘要：

  RNA 干扰途径（RNAi）是一种特殊而强大的生物过程，由非编码 RNA 小分子触发，参与基因表达调控。在这项工作中，我们探索了用无环 L-苏氨醇骨架取代天然核糖环以提高这些 RNA 分子生物稳定性的可能性。我们特别在寡核苷酸链的某些位置加入了这种修饰，并对其对 siRNA 生物特性的影响进行了评估。体外细胞 RNAi 试验表明，无论是双链还是单链，RNAi 机制都能很好地耐受 L-苏氨醇骨架，其活性明显高于未修饰的 RNA，与众所周知的硫代磷酸酯修饰相当。此外，这种修饰还具有极强的抗血清和 3′/5′-外切酶的能力。鉴于这些结果，我们将这种修饰用于敲除与治疗相关的人类基因，如载脂蛋白 B（ApoB）。对先天性免疫系统激活的进一步研究表明，L-苏氨醇修饰的 RNA 比未修饰的 RNA 的刺激性略低。

  DOI：

  10.3390/molecules191117872

文献信息

• Highly stable triple helix formation by homopyrimidine (<scp>l</scp>)-acyclic threoninol nucleic acids with single stranded DNA and RNA
  作者：Vipin Kumar、Venkitasamy Kesavan、Kurt V. Gothelf

  DOI：10.1039/c4ob02328e

  日期：——

  Homopyrimidine acyclic (l)-threoninol nucleic acid (aTNA) was synthesized and found to form highly stable (l)-aTNA–DNA–(l)-aTNA and (l)-aTNA–RNA–(l)-aTNA triple helical structures.

  同源嘧啶无环（l）-苏氨醇核酸（aTNA）已合成，并发现形成高度稳定的（l）-aTNA-DNA-（l）-aTNA和（l）-aTNA-RNA-（l）-aTNA三螺旋结构。
• オリゴヌクレオチド
  申请人：国立大学法人名古屋大学

  公开号：JP2016130232A

  公开（公告）日：2016-07-21

  【課題】標的とするＤＮＡ及びＲＮＡを配列特異的に認識し熱安定性又は光機能に優れた、人工核酸を含むオリゴヌクレオチドの提供。【解決手段】リン酸ジエステル結合で結合しているオリゴヌクレオチドにおいて、前記オリゴヌクレオチドが式（１）で表される骨格を含む人工核酸のみで構成されているオリゴヌクレオチド。（Ｂは骨格中のＮで結合するピリミドン又はイミダゾピリミドン構造を持つ塩基、ＸはＯ又はＳ）【選択図】なし

  【问题】提供一种包含人工核酸的寡核苷酸，该寡核苷酸能够特异性地识别DNA和RNA序列并具有热稳定性或光学功能。 【解决方法】在由磷酸二酯键连接的寡核苷酸中，该寡核苷酸仅由具有由公式（1）表示的骨架的人工核酸组成。（其中B是骨架中与N结合的嘧啶或咪唑嘧啶结构的碱基，X是O或S） 【选项图】无
• Acyclic <scp>l</scp>-threoninol nucleic acid (<scp>l</scp>-aTNA) with suitable structural rigidity cross-pairs with DNA and RNA
  作者：Keiji Murayama、Hiromu Kashida、Hiroyuki Asanuma

  DOI：10.1039/c4cc09244a

  日期：——

  We newly synthesized l-aTNA, which showed the best affinity to DNA and RNA among acyclic nucleic acids with phosphodiester linkages.

  我们新合成了一种L-α-TNA，它在无环核酸中具有磷酸二酯键中最好的与DNA和RNA结合的亲和力。
• Synthesis and Hybridization Properties of Sugar-Modified Oligonucleotides
  作者：Ashwani K. Sharma、Pradeep Kumar、Kailash C. Gupta

  DOI：10.1002/1522-2675(20011219)84:12<3643::aid-hlca3643>3.0.co;2-q

  日期：2001.12.19

  maintaining the sequence specificity. Recently, an alternative approach, involving the replacement of sugar-containing nucleotides with acyclic nucleotide analogs derived from serinol (8 ± 10) and phenyl- serinol (11), was developed; it allows the formation of an intramolecular H-bond between the amide NH of the acetamide tether and the phosphate O-atom to adopt a constrained conformation. These monomers

  -制备苏氨酸衍生的无环核苷酸单体，并通过亚磷酰胺化学在预选位置掺入寡核苷酸。研究了这些修饰的寡核苷酸与相应的天然寡核苷酸的杂交特性，并进行了它们与丝氨醇修饰的寡核苷酸的 vis-a i-vis 比较。检查了修饰的寡聚体对人血清和蛇毒磷酸二酯酶 (SVPD) 中核酸酶的稳定性。介绍。± 当存在互补核苷酸序列时，寡核苷酸通过与单链核酸结合形成双螺旋的能力使其可用作诊断探针和分子遗传学工具 (1 ± 4)。因此，涉及这些核酸的生物过程可能会受到添加相应寡核苷酸的影响。修饰寡核苷酸的这一特殊特性使其可用于生物技术，最近还用于药物化学，以至于它们作为反义寡核苷酸的使用已被证明可在转录或翻译阶段调节（通常抑制）表达。因此，这些分子被视为新一代药物。然而，天然寡核苷酸存在一些局限性，即，对核酸酶的不稳定性、由中等链长寡核苷酸形成的双链体稳定性低，以及无法穿透亲脂性细胞膜。为了克服这些障碍，通常将修饰引入