5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-N-[(1-β-D-ribofuranosyl-1H-pyrimidin-5-yl)methyl]-N-trifluoroacetylglycine 2-(trimethylsilyl)ethyl ester 3'-(cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite) | 1551533-36-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-N-[(1-β-D-ribofuranosyl-1H-pyrimidin-5-yl)methyl]-N-trifluoroacetylglycine 2-(trimethylsilyl)ethyl ester 3'-(cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
• 英文别名: 2-trimethylsilylethyl 2-[[1-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-2,4-dioxopyrimidin-5-yl]methyl-(2,2,2-trifluoroacetyl)amino]acetate
• CAS: 1551533-36-8；1551533-39-1
• 化学式: C₅₅H₇₇F₃N₅O₁₂PSi₂
• 分子量: 1144.38
• InChiKey: SYZZGRLTWVAYNT-WXQJQIAYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  10.28
• 重原子数：
  78
• 可旋转键数：
  28
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  188
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  17

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  N-[(1-β-D-ribofuranosyl-1H-pyrimidin-5-yl)methyl]-N-trifluoroacetylglycine 2-(trimethylsilyl)ethyl ester 在 吡啶 、 咪唑 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 9.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-N-[(1-β-D-ribofuranosyl-1H-pyrimidin-5-yl)methyl]-N-trifluoroacetylglycine 2-(trimethylsilyl)ethyl ester 3'-(cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  通过亚磷酰胺化学方法将5-羧甲基氨基甲基（-2-硫代）尿苷定点掺入RNA序列†

  摘要：

  5-羧甲基氨基甲基尿苷（cmnm 5 U）和5-羧甲基氨基甲基-2-硫尿苷（cmnm 5 s 2 U）位于几个胞质和线粒体tRNA序列的摆动位置。在本文中，我们报告了通过CPG固体支持物上的亚磷酰胺化学方法将cmnm 5 U和cmnm 5 s 2 U首次定点掺入RNA序列。选择三氟乙酰基和2-（三甲基甲硅烷基）乙基分别用于保护胺和羧基官能团。

  DOI：

  10.1039/c3ob42302f