5-[12-(diamantyl-4-oxyl)-(4,7,10-trioxadodec-1-ynyl)]-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine | 1345412-76-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5-[12-(diamantyl-4-oxyl)-(4,7,10-trioxadodec-1-ynyl)]-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine
• CAS: 1345412-76-1
• 化学式: C₅₃H₆₂N₂O₁₁
• 分子量: 903.082
• InChiKey: ZIDGYKDRONYZNI-REQWDATNSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.09
• 重原子数：
  66.0
• 可旋转键数：
  20.0
• 环数：
  12.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  148.93
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  12.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-[12-(diamantyl-4-oxyl)-(4,7,10-trioxadodec-1-ynyl)]-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 以75%的产率得到5-[12-(diamantyl-4-oxyl)-(4,7,10-trioxadodec-1-ynyl)]-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine-3'-(cyanoethyl-N,N'-diisopropyl)phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  Diamondoid-modified DNA

  摘要：

  我们准备了新型的C5改性三磷酸盐和磷酰胺，具有功能性连接到核苷碱基的金刚石结构。通过使用不同长度的模板进行引物延伸实验，我们研究了这些改性三磷酸盐是否能够被酶催化地纳入DNA中，以及是否可以进一步延伸。我们发现所有三种改性核苷酸都可以在单核苷酸纳入实验中被纳入DNA，但在需要多次纳入改性核苷酸的两个模板中仅部分纳入。改性磷酰胺通过DNA合成器技术引入到寡核苷酸中。所形成的寡核苷酸结构通过圆二色性（CD）和熔点温度（Tm）测量进行检查，发现它们与未改性对应物适应了相似的螺旋构象。

  DOI：

  10.1039/c1ob05929g
• 作为产物：
  描述：

  三乙二醇单(2-丙炔基)醚 在 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.33h， 生成 5-[12-(diamantyl-4-oxyl)-(4,7,10-trioxadodec-1-ynyl)]-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Diamondoid-modified DNA

  摘要：

  我们准备了新型的C5改性三磷酸盐和磷酰胺，具有功能性连接到核苷碱基的金刚石结构。通过使用不同长度的模板进行引物延伸实验，我们研究了这些改性三磷酸盐是否能够被酶催化地纳入DNA中，以及是否可以进一步延伸。我们发现所有三种改性核苷酸都可以在单核苷酸纳入实验中被纳入DNA，但在需要多次纳入改性核苷酸的两个模板中仅部分纳入。改性磷酰胺通过DNA合成器技术引入到寡核苷酸中。所形成的寡核苷酸结构通过圆二色性（CD）和熔点温度（Tm）测量进行检查，发现它们与未改性对应物适应了相似的螺旋构象。

  DOI：

  10.1039/c1ob05929g