Diisopropyl-phosphoramidous acid (2R,3S,5R)-5-(4-amino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-2-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-tetrahydro-furan-3-yl ester methyl ester | 102213-03-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: Diisopropyl-phosphoramidous acid (2R,3S,5R)-5-(4-amino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-2-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-tetrahydro-furan-3-yl ester methyl ester
• 英文别名: 4-amino-1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[[di(propan-2-yl)amino]-methoxyphosphanyl]oxyoxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 102213-03-6
• 化学式: C₃₇H₄₇N₄O₇P
• 分子量: 690.777
• InChiKey: WCCPXDRYESSEEM-SMJIUIIJSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.3
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  15
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  117
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Diisopropyl-phosphoramidous acid (2R,3S,5R)-5-(4-amino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-2-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-tetrahydro-furan-3-yl ester methyl ester 在 四氮唑 、 水 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 以95%的产率得到5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine 3-methyl H-phosphonate
  参考文献：
  名称：

  通过H-膦酸烷基酯方法大规模合成液相寡核苷酸。

  摘要：

  描述了一种液相合成寡核苷酸的新方法，该方法基于使用烷基H-膦酸酯合成子和聚乙二醇（PEG5000）作为可溶性载体的氧化偶联。HBS的核苷烷基在NBS存在下进行氧化偶联。聚乙二醇作为可溶性聚合物载体的使用保留了固相合成的一些便利特征，并具有新的令人感兴趣的优点。该液相方法在速度和偶联收率方面看来是有效的，并且可以评估大量寡核苷酸（100 microM）的产生。

  DOI：

  10.1016/s0968-0896(99)00287-4
• 作为产物：
  描述：

  N,N,N,N-四异丙基二氨基磷酸甲酯 、 4-氨基-1-{5-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]-2-脱氧呋喃戊糖基}-2(1H)-嘧啶酮 以90%的产率得到Diisopropyl-phosphoramidous acid (2R,3S,5R)-5-(4-amino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-2-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-tetrahydro-furan-3-yl ester methyl ester
  参考文献：
  名称：

  通过具有未保护碱基的单体合成寡核苷酸

  摘要：

  Journal of the American Chemical Society 由美国化学会出版。1155 Sixteenth Street NW, Washington, DC 20036 通过具有未受保护碱基的单体合成寡核苷酸 Sergei M. Gryaznov 和 Robert L. Letsinger J. Am。化学 Soc., 1991, 113 (15), 5876-5877• DOI：10.1021/ja00015a059 • 出版日期（Web）：2002 年 5 月 1 日 2009 年 3 月 8 日从 http://pubs.acs.org 下载

  DOI：

  10.1021/ja00015a059

文献信息

• O-Selectivity and Utility of Phosphorylation Mediated by Phosphite Triester Intermediates in the N-Unprotected Phosphoramidite Method
  作者：Akihiro Ohkubo、Yusuke Ezawa、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/ja048125h

  日期：2004.9.1

  molecular orbital interactions between the reactive intermediates and the nucleophiles such as the amino or hydroxyl groups of nucleosides. Furthermore, longer oligonucleotides were synthesized not only by a manual operation but also by a DNA synthesizer. The utility of our new method was demonstrated by the successful synthesis of a base-labile modified oligodeoxyribonucleotide having 4-N-acetyldeoxycytidine

  以前，由于 dA 和 dC 的氨基对三价磷 (III) 型亚磷酸化试剂具有高反应性，因此无法在 N-未保护的亚磷酰胺方法中进行聚合物载体上的 O 选择性磷酸化。在本文中，我们开发了一种名为“活化亚磷酸酯方法”的新偶联策略，其中亚磷酸三酯中间体 1 介导了亚磷酸化。将 1-羟基苯并三唑作为促进剂应用于固相合成导致了优异的 O-选择性超过 99.7%。这种 O 选择性可以通过反应中间体和亲核试剂（如核苷的氨基或羟基）之间的前沿分子轨道相互作用来解释。此外，更长的寡核苷酸不仅可以通过手动操作合成，也可以通过 DNA 合成仪合成。通过成功合成具有 4-N-乙酰脱氧胞苷残基的碱不稳定修饰寡脱氧核糖核苷酸，证明了我们新方法的实用性。最后，通过使用 6-三氟甲基-1-羟基苯并三唑和苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐的组合试剂，可以以良好的产率合成含有 dA 或 dC 的 DNA 20 聚体。