N-2-[(2-O-4,4′-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N′-2-(2-hydroxyethoxy)ethyl-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide | 215297-21-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N-2-[(2-O-4,4′-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N′-2-(2-hydroxyethoxy)ethyl-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide
• 英文别名: N-[2-(2-O-4,4'-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N'-[2-(2-hydroxyethoxy)ethyl]-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide
• CAS: 215297-21-5
• 化学式: C₅₃H₄₄N₂O₁₀
• 分子量: 868.94
• InChiKey: UZVOZULGYOFZNG-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.98
• 重原子数：
  65.0
• 可旋转键数：
  17.0
• 环数：
  10.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.21
• 拓扑面积：
  141.14
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 N-2-[(2-O-4,4′-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N′-2-(2-hydroxyethoxy)ethyl-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 以42%的产率得到N-2-[(2-O-4,4′-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N′-2-{[2-O-(2-cyanoethyldiisopropylchlorophosphino)ethoxy]ethyl}-3,4,9,10-perylentetracarboxylic diimide
  参考文献：
  名称：

  预组织对核苷酸配体的合成DNA结合基序亲和力的影响†

  摘要：

  嘌呤链上有缺口的三链体通过沃森-克里克（Watson-Crick）和胡格斯汀（Hoogsteen）碱基配对的组合，已显示出结合腺苷或鸟苷衍生物的能力。刚性结合位点应有利于亲和力。在这里我们报道，限定结合位点的夹具对亲和力有适度的影响，而桥接嘌呤链的缺口可以大大增加对ATP，cAMP和FAD的亲和力。用丙烯桥或无碱基核苷类似物，用K d测得的双链三螺旋基序的最低解离常数。在后一种情况下，cAMP的值低至30 nM。两者合计，我们的数据表明，通过共价桥改善预组织增加了对核苷酸配体的亲和力。但是，笨重的桥也可能会阻断腺嘌呤碱基的两种替代结合方式之一。结果可能有助于设计新的受体，开关或存储嘌呤的配体的存储主题。

  DOI：

  10.1039/c5ob00508f
• 作为产物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 、 氢氟酸 作用下， 反应 3.0h， 生成 N-2-[(2-O-4,4′-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N′-2-(2-hydroxyethoxy)ethyl-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide
  参考文献：
  名称：

  用于稳定发夹三链体的萘基和苝基接头

  摘要：

  平面苝和萘基二亚胺接头可用于连接 DNA 三链体的 Watson-Crick 和 Hoogsteen 链，从而提供能够靶向单链核酸并形成发夹三链体的偶联物。平面接头旨在桥接三链复合物的末端碱基三联体，并提供与所有三个残基的碱基堆叠相互作用。已制备了 16 种复合物，每个接头 8 种，一半带有 RNA (R) 靶标，一半带有 DNA (D) 靶标。缀合物序列由两条 DNA 链、两条 2'-O-甲基 RNA (M) 或各条链组成。与用六（乙二醇）接头形成的类似复合物相比，平面接头将复合物的 TM 值提高了 28 °C，ΔG 值表示高达 12。3 kcal/mol 的稳定性相对于简单的乙二醇接头。所有 16 种复合物都通过 TM 测量和 ΔG 测定进行了表征。那个π-堆叠交互...

  DOI：

  10.1021/ja0001714