5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-arabinouridine-2'-(O-methyl)-(O-2-(N-methyl)aminophenazine-2-N-ethyl) phosphate | 211441-80-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-arabinouridine-2'-(O-methyl)-(O-2-(N-methyl)aminophenazine-2-N-ethyl) phosphate
• CAS: 211441-80-4
• 化学式: C₄₆H₄₆N₅O₁₁P
• 分子量: 875.872
• InChiKey: YBJUXJVMGLVHGX-XHGUUUOGSA-N

物化性质

• 密度：
  1.431±0.10 g/cm3(Temp: 25 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.21
• 重原子数：
  63.0
• 可旋转键数：
  17.0
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.26
• 拓扑面积：
  185.79
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  15.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-arabinouridine-2'-(O-methyl)-(O-2-(N-methyl)aminophenazine-2-N-ethyl) phosphate 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.0h， 以70%的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-arabinouridine-2'-[(O-methyl)-(O-2-(N-methyl)aminophenazine-2-N-ethyl) phosphate]-3'-O-(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  吩嗪连接的阿拉伯糖和木呋喃糖基寡核苷酸偶联物的合成：它们的双链体（DNA-DNA和DNA-RNA）和三链体的热稳定性和荧光性质

  摘要：

  已报告了吩嗪（Pzn）拴系的ara -U和xylo -U寡核苷酸的合成及其作为DNA-DNA，DNA-RNA双链体和三链体的特性。2' - O -Pzn拴系的ara - U酰胺（11）和Pzn联结的酰胺基嵌段（4）以及用2' - O -Pzn拴系的ara - U（10a – 10c）和3功能化的CPG固体载体固相DNA合成中使用' -O -Pzn系木糖-U琥珀酸酯（22a – 22c）制备修饰的9mers 25 – 29、31、41 – 45（用于DNA-DNA和DNA-DRA双链体研究）和18mers 35 – 40、46 – 50（用于DNA三链体研究）。对产生的双链体和三链体的热熔实验表明，除中间修饰的寡核苷酸（31和40）外，所有寡DNA对DNA和RNA靶标（23和52）以及对DNA双链体均具有增强的亲和力目标32·33。PZN -拴系的ARA -U块是在3'末端的寡核苷酸比在双链

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00457-8
• 作为产物：
  描述：

  Diisopropyl-phosphoramidous acid (2R,3S,3aR,9aR)-2-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-5,5,7,7-tetraisopropyl-tetrahydro-1,4,6,8-tetraoxa-5,7-disila-cyclopentacycloocten-3-yl ester methyl ester 在 四氮唑 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 乙腈 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-arabinouridine-2'-(O-methyl)-(O-2-(N-methyl)aminophenazine-2-N-ethyl) phosphate
  参考文献：
  名称：

  吩嗪连接的阿拉伯糖和木呋喃糖基寡核苷酸偶联物的合成：它们的双链体（DNA-DNA和DNA-RNA）和三链体的热稳定性和荧光性质

  摘要：

  已报告了吩嗪（Pzn）拴系的ara -U和xylo -U寡核苷酸的合成及其作为DNA-DNA，DNA-RNA双链体和三链体的特性。2' - O -Pzn拴系的ara - U酰胺（11）和Pzn联结的酰胺基嵌段（4）以及用2' - O -Pzn拴系的ara - U（10a – 10c）和3功能化的CPG固体载体固相DNA合成中使用' -O -Pzn系木糖-U琥珀酸酯（22a – 22c）制备修饰的9mers 25 – 29、31、41 – 45（用于DNA-DNA和DNA-DRA双链体研究）和18mers 35 – 40、46 – 50（用于DNA三链体研究）。对产生的双链体和三链体的热熔实验表明，除中间修饰的寡核苷酸（31和40）外，所有寡DNA对DNA和RNA靶标（23和52）以及对DNA双链体均具有增强的亲和力目标32·33。PZN -拴系的ARA -U块是在3'末端的寡核苷酸比在双链

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00457-8