CD3-AdoMet | 68684-40-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 英文名称: CD3-AdoMet
• 英文别名: methyl-D3-AdoMet；S-adenosylmethionine-(methyl-d3)；S-adenosyl-L-[methyl-²H₃]methionine；[methyl-²H₃]-SAM；[CD₃-methyl]-SAM；CD₃-SAM；S-Adenosyl-L-methionine-d3；(2S)-2-amino-4-[[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl-(trideuteriomethyl)sulfonio]butanoate
• CAS: 68684-40-2
• 化学式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
• 分子量: 401.419
• InChiKey: MEFKEPWMEQBLKI-JSJAHMFWSA-N

物化性质

• 溶解度：
  H2O：50 mg/mL（124.55 mM；需要超声波）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.8
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  187
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  CD3-AdoMet 在 pyruvate formate-lyase activating enzyme, [4Fe−4S]⁺ state 作用下， 生成 5'-deoxyadenosyl radical
  参考文献：
  名称：

  难以捉摸的 5'-脱氧腺苷自由基：由 EPR 和 ENDOR 光谱捕获和表征

  摘要：

  5'-脱氧腺苷自由基 (5'-dAdo·) 提取底物 H 原子，作为由腺苷钴胺素依赖性和自由基 S-腺苷-l-甲硫氨酸 (RS) 酶催化的基于自由基的转化的第一步。尽管 5'-dAdo· 具有重要的生物学作用，但经过半个多世纪的努力，却一直未能对其进行表征。在这里，我们报告了在 12 K 的 RS 酶活性位点中产生 5'-dAdo· 的方法，该方法涉及从 [4Fe-4S]+ 簇到配位 S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 的低温光诱导电子转移以诱导均裂S-C5' 键断裂。我们通过使用带有同位素标记的电子顺磁共振 (EPR) 和电子核双共振 (ENDOR) 光谱明确揭示了这种长期寻找的自由基物种的结构，由密度泛函计算补充：平面 C5' (2pπ) 自由基（~70% 自旋占有率）；C5'(H)2 平面相对于 C5'-C4'-(C4'-H) 平面旋转了 ~37°（实验）/39°（DFT），...

  DOI：

  10.1021/jacs.9b05926
• 作为产物：
  描述：

  在 recombinant S-adenosylmethionine synthase from Bacillus subtilis (strain ATCC 6051) 、 lithium hydroxide 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 CD3-AdoMet
  参考文献：
  名称：

  Rationally engineered variants of S-adenosylmethionine (SAM) synthase: reduced product inhibition and synthesis of artificial cofactor homologues

  摘要：

  通过三维建模和对接，对细菌腺苷甲硫氨酸合成酶进行合理重设计，导致产生变种，可以合成甲基化辅酶SAM（AdoMet）而无产物抑制，并且可以合成更高级的烷基同系物。

  DOI：

  10.1039/c4cc08478k

文献信息

• Mechanism of a Class C Radical <i>S</i>-Adenosyl-<scp>l</scp>-methionine Thiazole Methyl Transferase
  作者：Zhengan Zhang、Nilkamal Mahanta、Graham A. Hudson、Douglas A. Mitchell、Wilfred A. van der Donk

  DOI：10.1021/jacs.7b10203

  日期：2017.12.27

  is transferred from the methyl group of SAM2 to the 5′-deoxyadenosine of SAM1 and the other two hydrogens of the methyl group of SAM2 appear in the methylated product. In addition, a hydrogen appears to be transferred from the β-position of the thiazole to the methyl group in the product. We also show that the methyl protons in the product can exchange with solvent. A mechanism consistent with these

  在过去的十年中，发现了四种不同类别的自由基 S-腺苷甲硫氨酸 (rSAM) 甲基转移酶，它们可以甲基化未活化的碳中心。尽管 A 类的机制已经很好理解，但 B-D 类甲基化的分子细节却不是。在这项研究中，我们详细介绍了 C 类 rSAM 甲基转移酶 TbtI 的详细机理研究，该酶参与强效硫肽抗生素硫胞嘧啶的生物合成。在翻译后成熟过程中，TbtI C-甲基化 Cys 衍生的噻唑。产物分析表明甲基化需要两个 SAM 分子，一个 SAM (SAM1) 转化为 5'-脱氧腺苷，第二个 SAM (SAM2) 转化为 S-腺苷-1-高半胱氨酸 (SAH)。同位素标记研究表明，一个氢从 SAM2 的甲基转移到 SAM1 的 5'-脱氧腺苷，而 SAM2 甲基的另外两个氢出现在甲基化产物中。此外，氢似乎从噻唑的 β 位转移到产物中的甲基。我们还表明产物中的甲基质子可以与溶剂交换。提出了一种与这些观察结果一致的机制，它不同于其他已表征的自由基
• Nucleoside-linked shunt products in the reaction catalyzed by the class C radical S-adenosylmethionine methyltransferase NosN
  作者：Wei Ding、Yujie Wu、Xinjian Ji、Haocheng Qianzhu、Fener Chen、Zixin Deng、Yi Yu、Qi Zhang

  DOI：10.1039/c7cc02162c

  日期：——

  S-adenosylmethionine (SAM) methyltransferase (RSMT) involved in the biosynthesis of nosiheptide, a clinically interesting thiopeptide antibiotic produced by Streptomyces actuosus. NosN employs an unprecedented catalytic mechanism, in which SAM is converted to 5′-methylthioadenosine (MTA) as a direct methyl donor. In this study, we report identification of several nucleoside-linked shunt products in the NosN-catalyzed

  NosN是C类自由基S-腺苷甲硫氨酸（SAM）甲基转移酶（RSMT），参与诺西庚肽的生物合成，诺西庚肽是一种由临床链霉菌产生的具有临床意义的硫肽抗生素。NosN采用了前所未有的催化机制，其中SAM作为直接的甲基供体被转化为5'-甲基硫代腺苷（MTA）。在这项研究中，我们报告了NosN催化反应中几种核苷连接的分流产物的鉴定。对NosN和A类RSMT RlmN的比较分析以及进一步的密度泛函理论（DFT）计算揭示了对两种酶催化作用的重要机理见解，表明由相似途径产生的自由基中间体可以具有非常不同的反应性。这项研究提供了有力的证据，支持先前的NosN催化机理建议，验证了由MTA衍生的亚甲基自由基加到吲哚基底物C4上而形成的关键自由基加合物的存在。
• Sterol C -methyl transferase from Prototheca wickerhamii mechanism, sterol specificity and inhibition
  作者：Anil T Mangla、W.David Nes

  DOI：10.1016/s0968-0896(00)00040-7

  日期：2000.5

  C24, C23 or C22 are particularly potent non-competitive inhibitors (Ki for the most potent inhibitor tested, 25-azacycloartanol, was ca. 2 nM, four orders of magnitude less than the Km for cycloartenol of 28 microM), supporting the intermediacy of the 24-methyl C24(25)-carbenium ion intermediate. Ergosterol, but neither cholesterol nor sitosterol, was found to inhibit SMT activity (Ki = 80 microM). The

  发现来自Prototheca wickerhamii（一种非光合酵母样藻类）的膜结合固醇甲基转移酶（SMT）酶将适当的delta24（25）-甾醇受体分子C-甲基化为delta25（27）-24beta-甲基产品立体选择性地。与底物对一起孵育-[2H3-甲基] AdoMet和环戊烯醇，以及AdoMet和[27-（13）C]羊毛甾醇-随后通过同位素标记产品的1H和13C NMR分析，显示了si-face（beta-面部攻击）的C-甲基化机制和羊毛甾醇上的Pro-Z甲基（C27）形成delta25（27）-双键的区域特异性。该酶对具有3β-羟基，平面原子核和侧链的甾醇具有底物偏爱，该甾醇定向为天然底物环戊烯醇的“右手”结构（20R手性）特征。通过Superose 6 FPLC测定，SMT的表观天然分子量约为154,000。含有取代C24和C25或相关结构修饰的杂原子的一系列固醇类似物，包括甾体
• Site-Directed Mutagenesis of the Sterol Methyl Transferase Active Site from <i>Saccharomyces </i><i>c</i><i>erevisiae </i>Results in Formation of Novel 24-Ethyl Sterols
  作者：W. David Nes、Brian S. McCourt、Julie A. Marshall、Jianzhong Ma、Allen L. Dennis、Monica Lopez、Haoxia Li、Ling He

  DOI：10.1021/jo9819943

  日期：1999.3.1

  C-transfer step (K(m) = 38 &mgr;M and k(cat) = 0.002 s(-)(1)), suggesting that successive C-methylation of Delta(24(28))-substrates is limited by product release and that molecular recognition of sterol features involves hydrogen bond formation. Isomeric 24-ethyl sterol olefins generated from 24(28)-methylene cholesterol were characterized by chromatographic (GC and HPLC) and spectral methods (MS and (1)H NMR)

  Delta（24（28））-甾醇是天然Delta（24（25））-到酿酒酵母的Delta（24（28））-甾醇甲基转移酶（SMT）酶催化的单C-甲基化途径的终产物。使用固醇结合位点高度保守残基的定点诱变产生的酿酒酵母的Tyr（81）至Phe突变SMT酶，我们发现了几个Delta（24（25））-和Delta（24（ 28））-不是天然蛋白质底物的固醇被催化成单-和双-C24-烷基化的侧链。突变蛋白在色谱法和结合酵母甾醇（首选底物）中的行为类似于天然蛋白。Y81F突变蛋白将Zymosterol转化为fecosterol，其周转效率与天然蛋白相似（K（m）= 12＆mgr; M和k（cat）= 0.01 s（-）（1））；从这些温育中检测到痕量的24-乙基固醇。不是野生型SMT酶的正常底物的4α-甲基zyesterol以高收率转化为4α-甲基fecosterol。当在饱和浓度下分别测定非甾体甾
• Consecutive Methylation Catalyzed by <scp>TsrM</scp> , an Atypical Class B Radical <scp>SAM</scp> Methylase
  作者：Runze Wu、Wei Ding、Qi Zhang

  DOI：10.1002/cjoc.202200174

  日期：2022.7.15

  TsrM is a cobalamin-dependent radical S-adenosylmethionine (SAM) methyltransferase belonging to the Class B radical SAM methylase (RSM) family. This enzyme catalyzes the C-2 methylation of L-tryptophan to produce 2-methyltrytophan (2-MeTrp), an intermediate involved in the biosynthesis of thiostrepton A. In this work, we report characterization of an unexpected activity of TsrM, which carries out an

  TsrM 是一种钴胺素依赖性自由基 S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 甲基转移酶，属于 B 类自由基 SAM 甲基化酶 (RSM) 家族。这种酶催化 L-色氨酸的 C-2 甲基化产生2-甲基色氨酸 (2-MeTrp)，这是一种参与硫链丝菌肽 A 生物合成的中间体。对产物 2-MeTrp 进行额外的甲基化反应。一系列使用不同色氨酸类似物的同位素标记研究和测定表明，TsrM 能够将甲基从 SAM 转移到 2-MeTrp 的 C4 上以产生 2,4-二甲基色氨酸。这些结果揭示了 TsrM 有趣的底物特异性，进一步扩大了自由基 SAM 超家族酶的反应混杂性。