5'-O-[二(4-甲氧基苯基)苯基甲基]-2'-脱氧-N-(苯氧基乙酰基)腺苷 | 110522-82-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 5'-O-[二(4-甲氧基苯基)苯基甲基]-2'-脱氧-N-(苯氧基乙酰基)腺苷
• 英文名称: N⁶-phenoxyacetyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyadenosine
• 英文别名: DMT phenoxyacyldeoxyadenosine；N-(9-((2R,4S,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-6-yl)-2-phenoxyacetamide；N-[9-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]purin-6-yl]-2-phenoxyacetamide
• CAS: 110522-82-2
• 化学式: C₃₉H₃₇N₅O₇
• 分子量: 687.752
• InChiKey: JDJUQANHKJNEFT-VUHKNJSWSA-N

物化性质

• 溶解度：
  DMSO：250 mg/mL（363.51 mM；需要超声波）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.9
• 重原子数：
  51
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.23
• 拓扑面积：
  139
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-[二(4-甲氧基苯基)苯基甲基]-2'-脱氧-N-(苯氧基乙酰基)腺苷 在 四氮唑 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 N⁶-phenoxyacetyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-[(N,N-diisopropylamino)[3-[(3,4,6-tri-O-acetyl-2-acetylamino-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl)oxy]propoxy]phosphinyl]-2'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  PHOSPHORAMIDITE BUILDING BLOCKS FOR SUGAR-CONJUGATED OLIGONUCLEOTIDES

  摘要：

  揭示了用于制备含至少一种磷酸三酯键连接的寡核苷酸的合成寡核苷酸的新型核苷酸磷酰胺酯构建模块，其与单糖偶联，并公开了制备这些构建模块的合成过程。此外，使用这些构建模块制备寡聚合物化合物，最好是在去除保护基之后，以提供单糖偶联的寡核苷酸。

  公开号：

  US20160083414A1
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧腺苷 在 吡啶 、 水 、 三乙胺 作用下， 生成 5'-O-[二(4-甲氧基苯基)苯基甲基]-2'-脱氧-N-(苯氧基乙酰基)腺苷
  参考文献：
  名称：

  轻松去除可用于寡核苷酸合成的新碱基保护基

  摘要：

  提出了新的碱保护基团来代替苯甲酰基和异丁酰基。对于腺嘌呤和鸟嘌呤，它们是苯氧基乙酰基；对于胞嘧啶，它们是异丁酰基。它们在较低的温度下在较短的时间内在氨水中裂解。这些易于除去的基团可用于合成含有易碎碱基的修饰寡核苷酸。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)95646-6

文献信息

• Methods of producing and using single-stranded deoxyribonucleic acids and compositions for use in practicing the same
  申请人：Takara Bio USA, Inc.

  公开号：US10584363B2

  公开（公告）日：2020-03-10

  Methods of producing single-stranded deoxyribonucleic acids (ssDNAs) are provided. Aspects of the methods include generating a double stranded deoxyribonucleic acid (dsDNA) and then selectively degrading one strand of the dsDNA to produce a ssDNA. ssDNAs produced using methods of the invention find use in a variety of applications, including genomic modification applications. Also provided are compositions, e.g., kits, that find use in practicing various embodiments of the invention.

  本文提供了生产单链脱氧核糖核酸（ssDNA）的方法。 这些方法的各个方面包括产生双链脱氧核糖核酸（dsDNA），然后选择性地降解dsDNA的一条链以产生ssDNA。使用本发明方法产生的ssDNA可用于各种应用，包括基因组修饰应用。 此外，还提供了可用于实施本发明各种实施方案的组合物，如试剂盒。
• Methods for detecting agglutination and compositions for use in practicing the same
  申请人：The Regents of the University of California

  公开号：US11149296B2

  公开（公告）日：2021-10-19

  Methods are provided for detecting antigen binding agents in samples. Aspects of the methods include detection of the aggregation of antigen binding agents with polynucleotide-bound antigens by sensitive proximity-based association of the antigen-bound polynucleotides. Aspects of the methods also include methods for the detection of such proximity-based association through nucleic acid amplification. In addition, compositions, e.g., reagents, kits, and devices, useful in practicing various embodiments of the methods are provided.

  提供了检测样品中抗原结合剂的方法。这些方法的各个方面包括通过与抗原结合的多核苷酸的灵敏近距离结合来检测抗原结合剂与多核苷酸结合抗原的聚集。这些方法的各个方面还包括通过核酸扩增来检测这种基于近距离结合的方法。此外，还提供了有助于实施本方法各实施例的组合物，如试剂、试剂盒和装置。
• WO2008/8476
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——
• SYNTHESIS OF CHIMERIC OLIGONUCLEOTIDES CONTAINING INTERNUCLEOSIDIC PHOSPHODIESTER AND<i>S</i>–PIVALOYLTHIOETHYL PHOSPHOTRIESTER RESIDUES
  作者：Andrei P. Guzaev、Balkrishen Bhat、Guity Balow、Muthiah Manoharan

  DOI：10.1081/ncn-100002481

  日期：2001.3.31

  Novel oligonucleotide analogs that bear phosphodiester and bioreversible S-pivaloyl 2-mercaptoethyl (SPME) phosphate triester internucleosidic linkages are described. Their synthesis employs a novel methodology of oligonucleotide deprotection under mild, non-aqueous conditions.
• SCHULHOF, J. C.;MOLKO, D.;TEOULE, R., BIOPHOSPHAT. AND ANALOGUES: SYNTH., STUCT., METAB. AND ACTIV. PROC. 2ND I+
  作者：SCHULHOF, J. C.、MOLKO, D.、TEOULE, R.

  DOI：——

  日期：——