5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-(6-(2,2,2-trifluoroacetamido)caproamidoprop-2-ynyl)-2'-deoxyuridine | 637330-23-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-(6-(2,2,2-trifluoroacetamido)caproamidoprop-2-ynyl)-2'-deoxyuridine
• 英文别名: N-[3-[1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-2,4-dioxopyrimidin-5-yl]prop-2-ynyl]-6-[(2,2,2-trifluoroacetyl)amino]hexanamide
• CAS: 637330-23-5
• 化学式: C₄₁H₄₃F₃N₄O₉
• 分子量: 792.809
• InChiKey: WWZBPWMYGRXVPB-GABYNLOESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.2
• 重原子数：
  57
• 可旋转键数：
  17
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  165
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-(6-(2,2,2-trifluoroacetamido)caproamidoprop-2-ynyl)-2'-deoxyuridine 在 sodium hydroxide 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 48.0h， 以79%的产率得到6-amino-N-(3-(5'-(4,4'-dimethoxytrityloxy)-2'-deoxyuridin-5-yl)prop-2-ynyl)hexanamide
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of fluorophore and quencher monomers for use in Scorpion primers and nucleic acid structural probes

  摘要：

  我们报告了合成单体的方法，以将荧光素和美克红融入修饰的寡核苷酸的序列和末端。这些单体已应用于固相合成荧光基寡核苷酸，用于基因分析和多链核酸结构的研究。

  DOI：

  10.1039/b301859h
• 作为产物：
  描述：

  6-氨基己酸 在 四(三苯基膦)钯 copper(l) iodide 、 1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 40.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-(6-(2,2,2-trifluoroacetamido)caproamidoprop-2-ynyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of fluorophore and quencher monomers for use in Scorpion primers and nucleic acid structural probes

  摘要：

  我们报告了合成单体的方法，以将荧光素和美克红融入修饰的寡核苷酸的序列和末端。这些单体已应用于固相合成荧光基寡核苷酸，用于基因分析和多链核酸结构的研究。

  DOI：

  10.1039/b301859h