9-(1'-β-D-ribofuranosyl)-6-nitro-1,3-dideazaadenine | 5805-87-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 苯并咪唑核糖核苷和核糖核苷酸
• 英文名称: 9-(1'-β-D-ribofuranosyl)-6-nitro-1,3-dideazaadenine
• 英文别名: 4-nitrobenzimidazole riboside；9-(10β-D-ribofuranosyl)6-nitro-1,3-dideazaadenine；(2R,3S,4R,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(4-nitrobenzimidazol-1-yl)tetrahydrofuran-3,4-diol；(2R,3S,4R,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(4-nitrobenzimidazol-1-yl)oxolane-3,4-diol
• CAS: 5805-87-8
• 化学式: C₁₂H₁₃N₃O₆
• 分子量: 295.252
• InChiKey: GFIYMZUOXDJKEF-HJQYOEGKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  134
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  9-(1'-β-D-ribofuranosyl)-6-nitro-1,3-dideazaadenine 在 palladium on activated charcoal 吡啶 、 N,N'-二环己基-4-吗啉脒 、 ammonium hydroxide 、 磷酸三乙酯 、 氢气 、 2,3-二脱氧胞啶 、 三氯氧磷 作用下， 以 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 5.5h， 生成 4-amino-1-β-D-ribofuranosylbenzimidazole 3'-5'-cyclic monophosphate ammonium salt
  参考文献：
  名称：

  腺嘌呤3'，5'-环一磷酸一些嘌呤环系统类似物的合成和酶活性。

  摘要：

  合成了一系列新颖的腺苷3'，5'-环一磷酸（cAMP）类似物，以及它们的6-脱氨基和6-硝基衍生物，其中嘌呤环被吲唑，苯并三唑和苯并咪唑代替。还制备了吲唑和苯并三唑呋喃核糖苷的3'，5'-环单磷酸酯，其中糖-磷酸酯部分连接到杂环的N-2氮原子上。通过类似物激活兔骨骼肌中纯化的cAMP依赖性蛋白激酶I（PK-I）和牛心脏中cAMP依赖性蛋白激酶II（PK-II）的能力来测试其生物活性。每个环状核苷酸均能够以2.0 x 10（-8）至4.8 x 10（-6）M的一半最大浓度（Ka）激活两种PK同工酶。N-1-β-D-呋喃呋喃糖基吲唑的环状磷酸酯（13）被证明是对PK-1和PK-II的极弱活化剂，但是当吲唑被N-2结合到核糖上或当C处的氢原子时-4被硝基或氨基取代，类似物的活性大大增加。苯并三唑衍生物的活化能力与cAMP相似，而与C-4取代基无关。发现含有苯并咪唑的环状核苷酸的Ka'值对于PK-

  DOI：

  10.1021/jm00102a006
• 作为产物：
  描述：

  2,1,3-苯并硒二唑 在 盐酸 、 硫酸 、 氨 、 氢碘酸 、 硝酸 、 四氯化锡 、 原甲酸三乙酯 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 26.5h， 生成 9-(1'-β-D-ribofuranosyl)-6-nitro-1,3-dideazaadenine
  参考文献：
  名称：

  碱基取代的5'- O-（N-异亮氨酰）氨磺酰基核苷类似物作为潜在的抗菌剂

  摘要：

  氨基酰基氨磺酰基腺苷是体外相应的原核和真核tRNA合成酶的众所周知的纳摩尔抑制剂。受Cubist Pharmaceuticals含芳基四唑的化合物和天然抗生素albomycin中发现的修饰碱基的启发，氨磺酰化腺苷的选择性问题促使我们研究腺嘌呤碱基在药理上的重要性。因此，我们合成并评估了几种异亮氨酰氨磺酰基核苷类似物，它们具有尿嘧啶，胞嘧啶，次黄嘌呤，鸟嘌呤，1，3-二氮杂腺嘌呤（苯并咪唑）或4-硝基苯并咪唑作为杂环碱基。基于微霉素C的结构和抗菌活性，我们还制备了它们的六肽基缀合物，以提高它们的吸收潜力。我们进一步在体外和细胞分析中将它们的抗菌活性与母体异亮氨酰氨磺酰基腺苷（Ile-SA）进行了比较。令人惊讶地，发现含有尿嘧啶类似物的最强的体外抑制作用16楼。不幸的是，由于低吸收，仅发现非常弱的生长抑制特性。根据先前的文献发现对结果进行讨论。

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2014.03.040

文献信息

• Derivatives of 1-β-d-ribofuranosylbenzimidazole 3′,5′-phosphate that mimic the actions of adenosine 3′,5′-phosphate (cAMP) and guanosine 3′,5′-phosphate (cGMP)
  作者：Hans-Gottfried Genieser、Elisabeth Winkler、Elke Butt、Michaela Zorn、Susanne Schulz、Frank Iwitzki、Reinhold Störmann、Bernd Jastorff、Stein Ove Døskeland、Dagfinn Øgreid、Sandrine Ruchaud、Michel Lanotte

  DOI：10.1016/0008-6215(92)85050-a

  日期：1992.10

  A series of new analogues of 1-beta-D-ribofuranosylbenzimidazole 3',5'-phosphate (cBIMP) has been designed according to the properties predicted by the MNDO method, and synthesised from substituted benzimidazoles. Dipole vectors and HOMO and LUMO energies for each benzimidazole base were calculated by the MNDO method and the lipophilicities of the cBIMP derivatives were determined. In general, the

  根据MNDO方法预测的性质，设计了一系列1-β-D-呋喃呋喃糖基苯并咪唑3'，5'-磷酸酯（cBIMP）的新类似物，并由取代的苯并咪唑合成。通过MNDO方法计算每个苯并咪唑碱基的偶极子向量以及HOMO和LUMO能量，并确定cBIMP衍生物的亲脂性。通常，cBIMP衍生物激活cAMP依赖性蛋白激酶I和II，并优先结合位点B，特别是对于II型激酶，其中2-三氟甲基-cBIMP和5,6-二氟-cBIMP表现出最高的位点选择性。每个cBIMP衍生物都可以刺激cGMP刺激的环磷酸二酯酶（cGS-PDE），其中5,6-二甲基-cBIMP与cGMP一样有效，并且还可以抑制cGMP抑制的磷酸二酯酶（cGI-PDE）。仅2-三氟甲基-cBIMP和Rp-硫代磷酸酯（cBIMPS）（赤道P = S）对cPDE的水解具有抗性。如果有的话，将Sp-硫代磷酸酯缓慢水解。除了表现出高亲脂性外，用于诱导细胞凋亡和抑制增殖
• Synthesis and evaluation of analogs of 5′-(((Z)-4-amino-2-butenyl)methylamino)-5′-deoxyadenosine (MDL 73811, or AbeAdo) – An inhibitor of S-adenosylmethionine decarboxylase with antitrypanosomal activity
  作者：Anthony J. Brockway、Oleg A. Volkov、Casey C. Cosner、Karen S. MacMillan、Stephen A. Wring、Thomas E. Richardson、Michael Peel、Margaret A. Phillips、Jef K. De Brabander

  DOI：10.1016/j.bmc.2017.07.063

  日期：2017.10

  describe our efforts to improve the pharmacokinetic properties of a mechanism-based suicide inhibitor of the polyamine biosynthetic enzyme S-adenosylmethionine decarboxylase (AdoMetDC), essential for the survival of the eukaryotic parasite Trypanosoma brucei responsible for Human African Trypanosomiasis (HAT). The lead compound, 5′-(((Z)-4-amino-2-butenyl)methylamino)-5′-deoxyadenosine (1, also known

  我们描述了我们为改善基于机制的多胺生物合成酶S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶（AdoMetDC）的自杀抑制剂的药代动力学特性而做出的努力，这对于负责人类非洲锥虫病（HAT）的真核寄生虫布鲁氏锥虫的生存至关重要。前导化合物5'-（（（（Z）-4-氨基-2-丁烯基）甲基氨基）-5'-脱氧腺苷（1，也称为MDL 73811或AbeAdo，在HAT的淋巴模型中以低剂量具有疗效，但由于血脑屏障渗透性差，在HAT的CNS期小鼠模型中未显示出明显的作用。因此，我们制备并评估了一系列在氨基丁烯基侧链，5'-胺，核糖和嘌呤片段上有修饰的类似物。尽管我们从这个全面的数据集中获得了有价值的结构活性见解，但我们并没有在保持中枢化合物1的强抗寄生虫活性和代谢稳定性的同时改善中枢神经系统渗透的前景。
• The nucleoside transport proteins, NupC and NupG, from Escherichia coli: specific structural motifs necessary for the binding of ligands
  作者：Simon G. Patching、Stephen A. Baldwin、Alexander D. Baldwin、James D. Young、Maurice P. Gallagher、Peter J. F. Henderson、Richard B. Herbert

  DOI：10.1039/b414739a

  日期：——

  unrelated transporters showed similar but distinct patterns of inhibition, revealing differing selectivities for the different nucleosides and their analogues. Binding of nucleosides to NupG required the presence of hydroxyl groups at each of the C-3' and C-5' positions of ribose, while binding to NupC required only the C-3' hydroxyl substituent. The greater importance of the ribose moiety for binding to

  测试了一系列46种天然核苷和类似物（主要是基于腺苷的）作为从大肠杆菌中富集的，与H（+）连接的核苷转运蛋白NupC和NupG吸收[U-（14）C]尿苷的抑制剂。这两个在进化上不相关的转运蛋白显示出相似但不同的抑制模式，揭示了对不同核苷及其类似物的不同选择性。核苷与NupG的结合需要在核糖的C-3'和C-5'位置分别存在羟基，而与NupC的结合仅需要C-3'羟基取代基。核糖部分对于结合NupG的重要性更高，与该蛋白质和寡糖之间的进化关系一致：运输者的主要促进者超家族（MFS）的H（+）同向转运蛋白（OHS）亚家族。对于两种蛋白质，C-3'处的天然α-构型和C-1'处的天然β-构型对于配体结合都是必需的。发现腺苷的咪唑环中的N-7和C-6的氨基对于结合并不重要，并且两个转运蛋白都显示出C-6 / N取代的灵活性。N-1和N-3中的一个或两个对腺苷类似物与NupC的结合很重要，但对NupG的结合
• Deaza Analogues of Adenosine as Inhibitors of Blood Platelet Aggregation
  作者：Ippolito Antonini、Gloria Cristalli、Palmarisa Franchetti、Mario Grifantini、Sante Martelli、Franco Petrelli

  DOI：10.1002/jps.2600730319

  日期：1984.3

  A number of deaza analogues of adenosine were prepared and tested as inhibitors of platelet aggregation induced by ADP and collagen to investigate the structure-activity relationships in this class of nucleoside analogues. The results showed that the presence of a 6-amino group and nitrogen atoms at positions 3 and 7 of the purine moiety are required for inhibitory activity.

  制备了许多腺苷的脱氮杂类似物，并作为由ADP和胶原诱导的血小板聚集的抑制剂进行了测试，以研究此类核苷类似物中的构效关系。结果表明，抑制活性需要在嘌呤部分的3位和7位存在6-氨基和氮原子。
• An Improved Procedure for the Synthesis of 1,3-Dideazaadenosine
  作者：Theresa A. Devlin、David J. Jebaratnam

  DOI：10.1080/00397919508011408

  日期：1995.3

  yield. The large scale monoreduction of 2,6-dinitroaniline, and the stannic chloride catalyzed glycosylation of 4 to obtain 6 as the only product (86%) are two important reactions in this five step synthesis.

  摘要 标题化合物的制备分五步完成，总产率为43%。2,6-二硝基苯胺的大规模单还原和氯化锡催化的 4 糖基化得到 6 作为唯一产物 (86%) 是这五步合成中的两个重要反应。