5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-(3-(6-N1-(2-((4-(methylamino)anthraquinone)amino)ethyl)succinamidohexamide)propynyl)-2'-deoxyuridine | 862980-74-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-(3-(6-N1-(2-((4-(methylamino)anthraquinone)amino)ethyl)succinamidohexamide)propynyl)-2'-deoxyuridine
• 英文别名: N-[6-[3-[1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-2,4-dioxopyrimidin-5-yl]prop-2-ynylamino]-6-oxohexyl]-N'-[2-[[4-(methylamino)-9,10-dioxoanthracen-1-yl]amino]ethyl]butanediamide
• CAS: 862980-74-3
• 化学式: C₆₀H₆₃N₇O₁₂
• 分子量: 1074.2
• InChiKey: NFUDXYKKPDFJGL-PFHCAROJSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6
• 重原子数：
  79
• 可旋转键数：
  25
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  252
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-(3-(6-N1-(2-((4-(methylamino)anthraquinone)amino)ethyl)succinamidohexamide)propynyl)-2'-deoxyuridine 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.5h， 以93%的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-(3-(6-N1-(2-((4-(methylamino)anthraquinone)amino)ethyl)succinamidohexamide)propynyl)-3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and evaluation of a new non-fluorescent quencher in fluorogenic oligonucleotide probes for real-time PCR

  摘要：

  基于二氨基蒽醌分散蓝 3 的非荧光猝灭剂已作为胸苷衍生物掺入寡核苷酸的 5' 端、3' 端和内部。荧光测定和荧光实时 PCR 实验表明，猝灭剂对多种荧光染料均有效。蒽醌部分提高了 DNA 双链体的解链温度，从而允许使用更短、更具辨别力的探针。该淬灭剂已用于 Scorpion 引物和 TaqMan ® 用于人类 DNA 序列识别和突变检测的探针。

  DOI：

  10.1039/b504759e
• 作为产物：
  描述：

  1-((2-aminoethyl)amino)-4-(methylamino)anthraquinone 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 19.67h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-(3-(6-N1-(2-((4-(methylamino)anthraquinone)amino)ethyl)succinamidohexamide)propynyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and evaluation of a new non-fluorescent quencher in fluorogenic oligonucleotide probes for real-time PCR

  摘要：

  基于二氨基蒽醌分散蓝 3 的非荧光猝灭剂已作为胸苷衍生物掺入寡核苷酸的 5' 端、3' 端和内部。荧光测定和荧光实时 PCR 实验表明，猝灭剂对多种荧光染料均有效。蒽醌部分提高了 DNA 双链体的解链温度，从而允许使用更短、更具辨别力的探针。该淬灭剂已用于 Scorpion 引物和 TaqMan ® 用于人类 DNA 序列识别和突变检测的探针。

  DOI：

  10.1039/b504759e