5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-6-N-[N-(phenylsulfonyl)carbamoyl]deoxycytidine-3'-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite | 1134803-44-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-6-N-[N-(phenylsulfonyl)carbamoyl]deoxycytidine-3'-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite
• 英文别名: 1-(benzenesulfonyl)-3-[1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]urea
• CAS: 1134803-44-3
• 化学式: C₄₆H₅₃N₆O₁₀PS
• 分子量: 913.001
• InChiKey: HMYROAVYJFCEKL-OFIIWCDBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.6
• 重原子数：
  64
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  199
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine-3'-O-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite] 、 异氰酸苯磺酰酯 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 以76%的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-6-N-[N-(phenylsulfonyl)carbamoyl]deoxycytidine-3'-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  New thermolytic carbamoyl groups for the protection of nucleobases

  摘要：

  研究发现，N-芳基氨甲酰基和N-（苯磺酰基）氨甲酰基（psc）基团能够有效地引入到脱氧胞苷和脱氧腺苷衍生物的氨基上，并且能够通过热分解反应去除。我们成功合成了含有这些热可移除保护基团的DNA探针，并开发了一种新的分子开关系统，通过简单的加热和重新氨甲酰化与异氰酸酯的反应来改变保护和脱保护模式。这种可逆的过程使我们能够控制DNA探针的杂交能力。

  DOI：

  10.1039/b816831h

文献信息

• New thermolytic carbamoyl groups for the protection of nucleobases
  作者：Akihiro Ohkubo、Rintaro Kasuya、Kenichi Miyata、Hirosuke Tsunoda、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1039/b816831h

  日期：——

  It was found that N-arylcarbamoyl and N-(phenylsulfonyl)carbamoyl (psc) groups could be effectively introduced onto the amino groups of deoxycytidine and deoxyadenosine derivatives and could be removed thermolytically. We succeeded in synthesizing DNA probes incorporating these thermo-removable protecting groups and developed a new system for molecular switching by changing the protection- and deprotection-modes using simple heating and re-carbamoylation with isocyanates. This reversible process enabled us to control the hybridization ability of the DNA probes.

  研究发现，N-芳基氨甲酰基和N-（苯磺酰基）氨甲酰基（psc）基团能够有效地引入到脱氧胞苷和脱氧腺苷衍生物的氨基上，并且能够通过热分解反应去除。我们成功合成了含有这些热可移除保护基团的DNA探针，并开发了一种新的分子开关系统，通过简单的加热和重新氨甲酰化与异氰酸酯的反应来改变保护和脱保护模式。这种可逆的过程使我们能够控制DNA探针的杂交能力。