(1S,3R,4S,7R)-1-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-5-[2-(pyren-1-yl)acetyl]-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane | 952723-71-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (1S,3R,4S,7R)-1-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-5-[2-(pyren-1-yl)acetyl]-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane
• 英文别名: 1-[(1S,3R,4S,7R)-1-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-7-hydroxy-5-(2-pyren-1-ylacetyl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 952723-71-6
• 化学式: C₅₀H₄₃N₃O₈
• 分子量: 813.907
• InChiKey: VODVEVFMMKZVAU-DUHXCEMUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.1
• 重原子数：
  61
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  10.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.22
• 拓扑面积：
  127
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1S,3R,4S,7R)-1-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-5-[2-(pyren-1-yl)acetyl]-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 4.0h， 以76%的产率得到(1S,3R,4S,7R)-7-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinoxy]-1-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-5-[4-(pyren-1-yl)acetyl]-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  功能化 2'-氨基-α-L-LNA：用于 DNA 靶向的嵌入剂的定向定位

  摘要：

  化学修饰的寡核苷酸越来越多地应用于基于核酸的治疗和诊断。LNA（锁核酸）及其非对映异构体 α-L-LNA 是其中两个有希望的例子，它们表现出更高的热稳定性和酶稳定性。在此，描述了 N2'-功能化 2'-氨基-α-L-LNA 的合成、生物物理表征和分子建模。受保护的氨基醇1 的化学选择性 N2'-功能化，然后进行磷酸化，提供了一组结构不同的目标亚磷酰胺，这些亚磷酰胺被整合到寡脱氧核糖核苷酸中。掺入芘功能化的结构单元，例如 2' - N -(pyren-1-yl)carbonyl-2'-amino-α-L-LNA（单体X) 导致热亲和力显着增加，尤其是针对 DNA 靶标的每次修饰高达 +19.5 °C。相比之下，掺入具有小的非芳香族 N2'-功能性的结构单元，例如2'- N-乙酰基-2'-氨基-α-L-LNA（单体V）对 DNA/RNA 互补物的热亲和力有不利影响，并会降低每次修改高达 -16

  DOI：

  10.1021/jo802037v
• 作为产物：
  描述：

  (1S,3R,4S,7R)-1-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane 、 1-芘乙酸 在 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 7.0h， 以86%的产率得到(1S,3R,4S,7R)-1-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-5-[2-(pyren-1-yl)acetyl]-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  功能化 2'-氨基-α-L-LNA：用于 DNA 靶向的嵌入剂的定向定位

  摘要：

  化学修饰的寡核苷酸越来越多地应用于基于核酸的治疗和诊断。LNA（锁核酸）及其非对映异构体 α-L-LNA 是其中两个有希望的例子，它们表现出更高的热稳定性和酶稳定性。在此，描述了 N2'-功能化 2'-氨基-α-L-LNA 的合成、生物物理表征和分子建模。受保护的氨基醇1 的化学选择性 N2'-功能化，然后进行磷酸化，提供了一组结构不同的目标亚磷酰胺，这些亚磷酰胺被整合到寡脱氧核糖核苷酸中。掺入芘功能化的结构单元，例如 2' - N -(pyren-1-yl)carbonyl-2'-amino-α-L-LNA（单体X) 导致热亲和力显着增加，尤其是针对 DNA 靶标的每次修饰高达 +19.5 °C。相比之下，掺入具有小的非芳香族 N2'-功能性的结构单元，例如2'- N-乙酰基-2'-氨基-α-L-LNA（单体V）对 DNA/RNA 互补物的热亲和力有不利影响，并会降低每次修改高达 -16

  DOI：

  10.1021/jo802037v

文献信息

• Synthesis and Biophysical Studies of N2′-Functionalized 2′-Amino-α-L-LNA
  作者：T. Santhosh Kumar、Andreas S. Madsen、Jesper Wengel、Patrick J. Hrdlicka

  DOI：10.1080/15257770701538841

  日期：2007.11.26

  A synthetic route towards a selected set of N-acylated and N-alkylated derivatives of 2'-amino-alpha-L-LNA phosphoramidite building blocks has been developed. Biophysical studies suggest that the 2-oxo-5-azabicyclo[2.2.1]heptane skeleton of 2'-amino-alpha-L-LNA allows precise positioning of intercalators in the core of nucleic acid duplexes.
• Functionalized 2′-Amino-α-L-LNA: Directed Positioning of Intercalators for DNA Targeting
  作者：T. Santhosh Kumar、Andreas S. Madsen、Michael E. Østergaard、Sujay P. Sau、Jesper Wengel、Patrick J. Hrdlicka

  DOI：10.1021/jo802037v

  日期：2009.2.6

  and enzymatic stability. Herein, the synthesis, biophysical characterization, and molecular modeling of N2′-functionalized 2′-amino-α-L-LNA is described. Chemoselective N2′-functionalization of protected amino alcohol 1 followed by phosphitylation afforded a structurally varied set of target phosphoramidites, which were incorporated into oligodeoxyribonucleotides. Incorporation of pyrene-functionalized

  化学修饰的寡核苷酸越来越多地应用于基于核酸的治疗和诊断。LNA（锁核酸）及其非对映异构体 α-L-LNA 是其中两个有希望的例子，它们表现出更高的热稳定性和酶稳定性。在此，描述了 N2'-功能化 2'-氨基-α-L-LNA 的合成、生物物理表征和分子建模。受保护的氨基醇1 的化学选择性 N2'-功能化，然后进行磷酸化，提供了一组结构不同的目标亚磷酰胺，这些亚磷酰胺被整合到寡脱氧核糖核苷酸中。掺入芘功能化的结构单元，例如 2' - N -(pyren-1-yl)carbonyl-2'-amino-α-L-LNA（单体X) 导致热亲和力显着增加，尤其是针对 DNA 靶标的每次修饰高达 +19.5 °C。相比之下，掺入具有小的非芳香族 N2'-功能性的结构单元，例如2'- N-乙酰基-2'-氨基-α-L-LNA（单体V）对 DNA/RNA 互补物的热亲和力有不利影响，并会降低每次修改高达 -16