1'-(3'-azido-2',3'-dideoxy-5'-O-dimethoxytrityl-β-D-threopentofuranosyl)-N4-benzoyl-5-methylcytosine | 1254809-05-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1'-(3'-azido-2',3'-dideoxy-5'-O-dimethoxytrityl-β-D-threopentofuranosyl)-N4-benzoyl-5-methylcytosine
• 英文别名: N-[1-[(2R,4R,5S)-4-azido-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]oxolan-2-yl]-5-methyl-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 1254809-05-6
• 化学式: C₃₈H₃₆N₆O₆
• 分子量: 672.74
• InChiKey: KJIBCIZWOFAMKX-CKOYEXALSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.7
• 重原子数：
  50
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.24
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1'-(3'-azido-2',3'-dideoxy-5'-O-dimethoxytrityl-β-D-threopentofuranosyl)-N4-benzoyl-5-methylcytosine 在 硫化氢 、 三乙胺 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 0.75h， 以85%的产率得到1'-(3'-amino-2',3'-dideoxy-5'-O-dimethoxytrityl-β-D-threopentofuranosyl)-N4-benzoyl-5-methylcytosine
  参考文献：
  名称：

  探测DNA和RNA的结合偏好：硫代乙酰氨基连接的核酸和异硫代乙酰氨基连接的核酸的骨架手性可区分DNA与RNA选择性结合

  摘要：

  RNA和DNA双链体几何结构的细微差异可以通过硫代乙酰氨基连接的核酸和异硫代乙酰氨基连接的核酸修饰的低聚物的5原子硫代乙酰氨基连接子中3'-氨基官能团的立体化学变化来感知。与3'-核糖或木糖基氨基核苷的优选N型糖构象相反，在二聚体中发现了主要的S型糖构象。尽管发现二聚体嵌段的CD光谱差异与磷酸二酯连接的核糖/木二聚体中的CD光谱差异相同，但5原子硫代乙酰氨基接头可通过3'端构型的改变将RNA结合选择性逆转为DNA结合选择性。 -氨基取代的糖。

  DOI：

  10.1021/jo1014036
• 作为产物：
  描述：

  1'-(3'-azido-2',3'-dideoxy-5'-O-dimethoxytrityl-β-D-threo-pentofuranosyl)-5-methylcytosine 、 苯甲酰氯 以 吡啶 为溶剂， 以73%的产率得到1'-(3'-azido-2',3'-dideoxy-5'-O-dimethoxytrityl-β-D-threopentofuranosyl)-N4-benzoyl-5-methylcytosine
  参考文献：
  名称：

  探测DNA和RNA的结合偏好：硫代乙酰氨基连接的核酸和异硫代乙酰氨基连接的核酸的骨架手性可区分DNA与RNA选择性结合

  摘要：

  RNA和DNA双链体几何结构的细微差异可以通过硫代乙酰氨基连接的核酸和异硫代乙酰氨基连接的核酸修饰的低聚物的5原子硫代乙酰氨基连接子中3'-氨基官能团的立体化学变化来感知。与3'-核糖或木糖基氨基核苷的优选N型糖构象相反，在二聚体中发现了主要的S型糖构象。尽管发现二聚体嵌段的CD光谱差异与磷酸二酯连接的核糖/木二聚体中的CD光谱差异相同，但5原子硫代乙酰氨基接头可通过3'端构型的改变将RNA结合选择性逆转为DNA结合选择性。 -氨基取代的糖。

  DOI：

  10.1021/jo1014036

文献信息

• Probing Binding Preferences of DNA and RNA: Backbone Chirality of Thioacetamido-Linked Nucleic Acids and <i>iso-</i>Thioacetamido-Linked Nucleic Acids to Differentiate DNA versus RNA Selective Binding
  作者：Sachin S. Gokhale、Khirud Gogoi、Vaijayanti A. Kumar

  DOI：10.1021/jo1014036

  日期：2010.11.5

  spectral differences for the dimer blocks were found to be identical for those found in phosphodiester linked ribo/xylo dimers, the 5-atom thioactamido linker could reverse the RNA binding selectivity to DNA binding selectivity by the change in configuration at the 3′-amino-substituted sugar.

  RNA和DNA双链体几何结构的细微差异可以通过硫代乙酰氨基连接的核酸和异硫代乙酰氨基连接的核酸修饰的低聚物的5原子硫代乙酰氨基连接子中3'-氨基官能团的立体化学变化来感知。与3'-核糖或木糖基氨基核苷的优选N型糖构象相反，在二聚体中发现了主要的S型糖构象。尽管发现二聚体嵌段的CD光谱差异与磷酸二酯连接的核糖/木二聚体中的CD光谱差异相同，但5原子硫代乙酰氨基接头可通过3'端构型的改变将RNA结合选择性逆转为DNA结合选择性。 -氨基取代的糖。