5-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-{[2-(dimethylamino)methylidene]amino}-3,5-dihydro-3-[(pivaloyloxy)methyl]-7-(prop-1-ynyl)-4H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one | 916755-89-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-{[2-(dimethylamino)methylidene]amino}-3,5-dihydro-3-[(pivaloyloxy)methyl]-7-(prop-1-ynyl)-4H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one
• 英文别名: 5-[2-Deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-beta-D-erythro-pentofuranosyl]-2-{[(dimethylamino)methylidene]amino}-3,5-dihydro-3-[(pivaloyloxy)methyl]-7-(prop-1-ynyl)-4H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one；[5-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-2-(dimethylaminomethylideneamino)-4-oxo-7-prop-1-ynylpyrrolo[3,2-d]pyrimidin-3-yl]methyl 2,2-dimethylpropanoate
• CAS: 916755-89-0
• 化学式: C₄₄H₄₉N₅O₈
• 分子量: 775.902
• InChiKey: UZUQJISXELGUPB-HKIDPNTFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.1
• 重原子数：
  57
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.36
• 拓扑面积：
  137
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-{[2-(dimethylamino)methylidene]amino}-3,5-dihydro-3-[(pivaloyloxy)methyl]-7-(prop-1-ynyl)-4H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.5h， 以44%的产率得到5-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-{[2-(dimethylamino)methylidene]amino}-3,5-dihydro-3-[(pivaloyloxy)methyl]-7-(prop-1-ynyl)-4H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one 3'-[2-cyanoethyl-diisopropylphosphoramidite]
  参考文献：
  名称：

  不依赖于pH的三链体形成：包含异鸟嘌呤或9-deaza-9-丙炔鸟嘌呤代替质子化胞嘧啶的发夹DNA。

  摘要：

  制备了包含2'-脱氧异鸟苷（2），7-溴-7-脱氮基2'-脱氧异鸟苷（2）以及丙烯酰化的9-脱氮鸟嘌呤N7-（2'-脱氧核糖核苷）的三链体形成寡核苷酸（TFO）。为此，合成了核苷1的亚磷酰胺9a，b以及化合物3b的亚磷酰胺19、20。它们被用于固相寡核苷酸合成中以产生受保护的31聚体寡核苷酸。通过Pd（0）[PPh3] 4-PPh3，然后用25％aq。水溶液进行含1的烯丙基保护的寡核苷酸的解封闭。NH3。通过紫外熔融曲线分析研究了31聚体单链分子内三链体的形成。在单链31-mer寡核苷酸中，dCH（+）-dG-dC基础三联体中的质子化dC被2'-脱氧异鸟苷（1），7-bromo-7-deaza-2'取代 -deoxyisoguanosine（2）和9-deaza-9-propynylguanine N7-（2'-deoxyribonucleoside）（3b）。用化合物1和3b取代质子化的

  DOI：

  10.1039/b610930f
• 作为产物：
  描述：

  5-[2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl]-{[2-(dimethylamino)methylidene]amino}-3,5-dihydro-3-[(pivaloyloxy)methyl]-7-(prop-1-ynyl)-4H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one 、 4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 作用下， 反应 2.0h， 以76%的产率得到5-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-{[2-(dimethylamino)methylidene]amino}-3,5-dihydro-3-[(pivaloyloxy)methyl]-7-(prop-1-ynyl)-4H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one
  参考文献：
  名称：

  不依赖于pH的三链体形成：包含异鸟嘌呤或9-deaza-9-丙炔鸟嘌呤代替质子化胞嘧啶的发夹DNA。

  摘要：

  制备了包含2'-脱氧异鸟苷（2），7-溴-7-脱氮基2'-脱氧异鸟苷（2）以及丙烯酰化的9-脱氮鸟嘌呤N7-（2'-脱氧核糖核苷）的三链体形成寡核苷酸（TFO）。为此，合成了核苷1的亚磷酰胺9a，b以及化合物3b的亚磷酰胺19、20。它们被用于固相寡核苷酸合成中以产生受保护的31聚体寡核苷酸。通过Pd（0）[PPh3] 4-PPh3，然后用25％aq。水溶液进行含1的烯丙基保护的寡核苷酸的解封闭。NH3。通过紫外熔融曲线分析研究了31聚体单链分子内三链体的形成。在单链31-mer寡核苷酸中，dCH（+）-dG-dC基础三联体中的质子化dC被2'-脱氧异鸟苷（1），7-bromo-7-deaza-2'取代 -deoxyisoguanosine（2）和9-deaza-9-propynylguanine N7-（2'-deoxyribonucleoside）（3b）。用化合物1和3b取代质子化的

  DOI：

  10.1039/b610930f

文献信息

• NANOPARTICLE NUCLEIC ACID BINDING COMPOUND CONJUGATES FORMING I-MOTIFS
  申请人：Seela Frank

  公开号：US20100290992A1

  公开（公告）日：2010-11-18

  The present invention concerns the field of nanoparticle bioconjugates which form an i-motif or an i-motif related structure (compositions) without or with at least one further nucleic acid binding compound. The i-motif base pairs can be charged or non-charged. Their assembly can be controlled by the pH value or temperature. At least one of these nucleic acid binding compounds has to be attached at least to a nanoparticle. The methods provide compositions used for DNA driven programmable nanoparticle assemblies, electronic circuits, diagnostic detection tools, biosensors, memory storage devices, diagnostic devices for biomolecule sequencing and detection, drug delivery, application in tumour diagnostics and treatment, nanomachines, nanofabrication, nanocatalysis, nanoarrays, and nanoscaled enzyme reactors.

  本发明涉及纳米颗粒生物共轭物的领域，其形成了一个i-结构或与i-结构相关的结构（组成物），没有或至少有一种进一步的核酸结合化合物。i-结构碱基对可以带电或不带电。它们的组装可以通过pH值或温度进行控制。这些核酸结合化合物中至少有一种必须至少附着在一个纳米颗粒上。该方法提供了用于DNA驱动的可编程纳米颗粒组装、电子电路、诊断检测工具、生物传感器、存储器设备、用于生物分子测序和检测的诊断设备、药物传递、应用于肿瘤诊断和治疗、纳米机器、纳米制造、纳米催化、纳米阵列和纳米级酶反应器的组成物。
• WO2008/17507
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——