3-[[(2S)-1-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]-3-(5-bromo-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)propan-2-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile | 1332698-29-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3-[[(2S)-1-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]-3-(5-bromo-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)propan-2-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 1332698-29-9
• 化学式: C₃₇H₄₄BrN₄O₇P
• 分子量: 767.657
• InChiKey: LQYWNPZENJGLIP-JFEPKTEZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6
• 重原子数：
  50
• 可旋转键数：
  18
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  123
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  1-[(2S)-3-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]-2-hydroxypropyl]-5-bromopyrimidine-2,4-dione 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 以78%的产率得到3-[[(2S)-1-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]-3-(5-bromo-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)propan-2-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
  参考文献：
  名称：

  双GNA的结构和动力学

  摘要：

  乙二醇核酸（GNA）具有仅包含三个碳原子的核苷酸主链和衍生自丙二醇（1,2-丙二醇）的立体中心，是具有引人入胜的生物物理特性（例如形成高度稳定的反平行结构）的核酸的结构类似物具有高Watson-Crick碱基配对保真度的双链体。以前对双链GNA（dsGNA）的晶体学研究表明，骨架构型有两种形式，一种是细长的M型（含有金属碱基对），另一种是浓缩的N型（含有溴化碱基对）。本文介绍了自互补3'-CTC Br以1.8Å分辨率分离的GNA双链体的新晶体结构UAGAG-2'GNA寡核苷酸在其（O3'–C3'–C2'–O2'）骨架上具有交替的gauche-anti扭转，显示出N型构象。为了阐明溶液中dsGNA的构象状态，使用了目前可用的结构信息库，在20 ns的时间内进行了分子动力学模拟。有趣的是，dsGNA在实验观察到的骨架构象之间的溶液中间采用构象状态：模拟的dsGNA显示了M型GNA的全脂构象特征

  DOI：

  10.1021/jo201469b