5'-dimethoxytrityl-8-oxoG-clamp 3-phosphoramidite | 1134373-47-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-dimethoxytrityl-8-oxoG-clamp 3-phosphoramidite
• 英文别名: 8-OxoG Clamp CEP；benzyl N-[2-[[3-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-2-oxo-10H-pyrimido[5,4-b][1,4]benzoxazin-9-yl]oxy]ethyl]carbamate
• CAS: 1134373-47-9
• 化学式: C₅₅H₆₁N₆O₁₁P
• 分子量: 1013.1
• InChiKey: KJADXOMZOBCXBS-MNUIYVAGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  10.37
• 重原子数：
  73.0
• 可旋转键数：
  23.0
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  186.12
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  16.0

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  C₄₆H₄₄N₄O₁₀ 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 5'-dimethoxytrityl-8-oxoG-clamp 3-phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  Selective fluorescence quenching of the 8-oxoG-clamp by 8-oxodeoxyguanosine in ODN

  摘要：

  The 8-oxoG-clamp, a specific fluorescent probe for 8-oxo-deoxyguanosine (8-oxo-dG), was incorporated into the oligodeoxynucleotide (ODN) within or at the 3 '-end of the purine and the pyrimidine sequences. Based on the UV-melting temperature, the 8-oxoG-clamp showed slightly lower stabilizing effects on the duplexes containing 8-oxo-dG at the complementary site than that with dG. On the other hand, 8-oxo-dG in DNA was selectively detected by fluorescence quenching of the 8-oxoG-clamp. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2008.12.036