1'-azido ADP ribose | 1610849-43-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （5'->5'）-二核苷酸
• 英文名称: 1'-azido ADP ribose
• CAS: 1610849-43-8
• 化学式: C₁₅H₂₂N₈O₁₃P₂
• 分子量: 584.333
• InChiKey: PLFOIAUICYKZEI-KEOHHSTQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.96
• 重原子数：
  38.0
• 可旋转键数：
  10.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  320.05
• 氢给体数：
  7.0
• 氢受体数：
  17.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1'-azido ADP ribose 、 4-乙炔基苯甲醚 在 copper(ll) sulfate pentahydrate 、 铜 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 24.0h， 以91%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  ADP-核糖基-N3：ADP-核糖基化化合物不同合成的通用前体

  摘要：

  腺苷二磷酸核糖 (ADP-核糖) 及其衍生物在一系列复杂的生理过程中发挥着重要作用。人工 ADP 核糖基化化合物的设计和合成是开发有价值的化学生物学工具和发现新候选药物的有效方法。然而，由于结构复杂、焦磷酸键易断裂和高亲水性，ADP-核糖基化化合物的合成目前很困难。本文首次设计合成了ADP-核糖基-N3。以 ADP-核糖基-N3 作为关键前体，开发了一种不同的后修饰策略来制备结构多样化的 ADP-核糖基化化合物，包括带有 ADP-核糖基部分的新型核苷酸和肽。

  DOI：

  10.3390/molecules22081346
• 作为产物：
  描述：

  在 吡啶 、 甲酸 、 磷酸 、 碘 、 三乙胺 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 19.5h， 生成 1'-azido ADP ribose
  参考文献：
  名称：

  ADP-核糖基-N3：ADP-核糖基化化合物不同合成的通用前体

  摘要：

  腺苷二磷酸核糖 (ADP-核糖) 及其衍生物在一系列复杂的生理过程中发挥着重要作用。人工 ADP 核糖基化化合物的设计和合成是开发有价值的化学生物学工具和发现新候选药物的有效方法。然而，由于结构复杂、焦磷酸键易断裂和高亲水性，ADP-核糖基化化合物的合成目前很困难。本文首次设计合成了ADP-核糖基-N3。以 ADP-核糖基-N3 作为关键前体，开发了一种不同的后修饰策略来制备结构多样化的 ADP-核糖基化化合物，包括带有 ADP-核糖基部分的新型核苷酸和肽。

  DOI：

  10.3390/molecules22081346

文献信息

• Probing the catalytic mechanism of bovine CD38/NAD+glycohydrolase by site directed mutagenesis of key active site residues
  作者：Isabelle Kuhn、Esther Kellenberger、Céline Cakir-Kiefer、Hélène Muller-Steffner、Francis Schuber

  DOI：10.1016/j.bbapap.2014.03.014

  日期：2014.7

  Bovine CD38/NAD(+) glycohydrolase catalyzes the hydrolysis of NAD(+) to nicotinamide and ADP-ribose and the formation of cyclic ADP-ribose via a stepwise reaction mechanism. Our recent crystallographic study of its Michaelis complex and covalently-trapped intermediates provided insights into the modalities of substrate binding and the molecular mechanism of bCD38. The aim of the present work was to determine the precise role of key conserved active site residues (Trp118, Glu138, Asp147, Trp181 and Glu218) by focusing mainly on the cleavage of the nicotinamide-ribosyl bond. We analyzed the kinetic parameters of mutants of these residues which reside within the bCD38 subdomain in the vicinity of the scissile bond of bound NAD(+). To address the reaction mechanism we also performed chemical rescue experiments with neutral (methanol) and ionic (azide, formate) nucleophiles. The crucial role of Glu218, which orients the substrate for cleavage by interacting with the N-ribosyl 2'-OH group of NAD(+), was highlighted. This contribution to catalysis accounts for almost half of the reaction energy barrier. Other contributions can be ascribed notably to Glu138 and Asp147 via ground-state destabilization and desolvation in the vicinity of the scissile bond. Key interactions with Trp118 and Trp181 were also proven to stabilize the ribooxocarbenium ion-like transition state. Altogether we propose that, as an alternative to a covalent acylal reaction intermediate with Glu218, catalysis by bCD38 proceeds through the formation of a discrete and transient ribooxocarbenium intermediate which is stabilized within the active site mostly by electrostatic interactions. (C) 2014 Elsevier B.V. All rights reserved.