整合宿主因子 (IHF) 是一种蛋白质,其序列特异性诱导双链 DNA 弯曲超过 160°。基于 IHF 作为先导结构,引入了一种
肽模拟物,类似于通过赖
氨酸树枝状聚合物带正电的蛋白质体和由环肽构成的小沟识别环。位于识别环尖端附近的脯
氨酸插入碱基对平面之间。为了评估侧链残基对大小(
1,2,3,4-四氢异喹啉-3-羧酸)、芳香性(苯丙
氨酸)、五元环构象 [(4R )-
氟脯
氨酸、(4S)-
氟脯
氨酸、3,4-脱氢脯
氨酸],以及结合 dsDNA 和弯曲双链的肽主链构象(α-甲基脯
氨酸)。结合和弯曲研究通过荧光共振能量转移实验和凝胶电泳使用通过 PCR 制备的 DNA 序列进行,IHF 结合位点位于中心或末端位置。虽然芳香族残基和 α-甲基脯
氨酸不能作为脯
氨酸替代品,但 (4S)-
氟脯
氨酸和 3,4-脱氢脯
氨酸的结合提供了增强的结合。