2-[(2R,3R,4S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-4-methoxyoxolan-3-yl]oxybutanedioic acid

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2-[(2R,3R,4S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-4-methoxyoxolan-3-yl]oxybutanedioic acid
• 化学式: C₃₅H₃₆N₂O₁₃
• 分子量: 692.7
• InChiKey: MGPVBLIHXAYPNQ-KLCASRHZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.7
• 重原子数：
  50
• 可旋转键数：
  15
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  200
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  13

文献信息

• METHOD FOR PRODUCING OLIGONUCLEOTIDE
  申请人：Ajinomoto Co., Inc.

  公开号：EP2711370A1

  公开（公告）日：2014-03-26

  The problem of the present invention is provision of a method of producing an n+p-mer oligonucleotide efficiently in a high yield, which includes use of, as a starting material, an n-mer oligonucleotide wherein the 3'-terminal hydroxyl group is protected, and the 5'-terminal hydroxyl group is protected by a temporary protecting group, and continuously performing, in a solution, (1) a deprotection step of the 5'-terminal hydroxyl group, (2) a 5'-terminal elongation step by the addition of a p-mer oligonucleotide wherein the 3'-position is phosphoramidited, and (3) an oxidation step or a sulfurization step of a phosphite triester moiety. It has been found that the above-mentioned problem can be solved by adding a particular cation scavenger during the deprotection step, applying a neutralization treatment after completion of the deprotection reaction, and using a particular oxidizing agent or sulfurizing agent in the oxidation step or sulfurization step.

  本发明的问题是提供一种高产率高效生产 n+p-mer 寡核苷酸的方法，该方法包括使用 n-mer 寡核苷酸作为起始材料，其中 3'末端羟基受到保护，5'末端羟基受到临时保护基团的保护、在溶液中连续进行以下步骤：(1) 5'末端羟基的去保护步骤；(2) 通过添加 p-聚合寡核苷酸进行 5'末端延伸步骤，其中 3'位被磷酸化；(3) 亚磷酸三酯分子的氧化步骤或硫化步骤。 研究发现，在脱保护步骤中加入特定的阳离子清除剂，在脱保护反应完成后进行中和处理，以及在氧化步骤或硫化步骤中使用特定的氧化剂或硫化剂，可以解决上述问题。
• METHOD FOR PRODUCING OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：AJINOMOTO CO., INC.

  公开号：EP2711370B1

  公开（公告）日：2018-01-03