(S)-methyl 5-guanidino-2-(4-(phenyldiazenyl)benzamido)pentanoate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 偶氮苯
• 英文名称: (S)-methyl 5-guanidino-2-(4-(phenyldiazenyl)benzamido)pentanoate
• 英文别名: methyl (2S)-5-(diaminomethylideneamino)-2-[(4-phenyldiazenylbenzoyl)amino]pentanoate
• 化学式: C₂₀H₂₄N₆O₃
• 分子量: 396.449
• InChiKey: DKIJUZWNXUWPFS-KRWDZBQOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.1
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.25
• 拓扑面积：
  145
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S)-methyl 5-guanidino-2-(4-(phenyldiazenyl)benzamido)pentanoate 以 二甲基亚砜 为溶剂， 生成 (S)-methyl 5-guanidino-2-(4-(phenyldiazenyl)benzamido)pentanoate
  参考文献：
  名称：

  Exploring Photoswitchable Binding Interactions with Small‐Molecule‐ and Peptide‐Based Inhibitors of Trypsin

  摘要：

  摘要要想在需要的时间和地点以光化学方式激活药物，就必须优化每种异构体状态之间的生物活性差异。作为实现这一目标的一个步骤，我们报告了对同一种蛋白酶--胰蛋白酶的小分子和多肽抑制剂，以更好地了解光开关药物如何与其生物靶标相互作用。最好的多肽抑制剂在同分异构状态之间的抑制活性相差五倍以上，而最好的小分子抑制剂仅相差 3.4 倍。对接和分子建模表明，这一结果是由于多肽抑制剂的关键结合残基在异构化时发生了巨大的三维结构变化；而小分子抑制剂则没有观察到这种变化。因此，我们证明了关键结合基团在辐照时发生的重大结构变化对于最大限度地提高异构态之间的生物活性差异至关重要。这是设计未来临床应用的光开关药物的一个重要考虑因素。

  DOI：

  10.1002/cbic.202300453

文献信息

• Exploring Photoswitchable Binding Interactions with Small‐Molecule‐ and Peptide‐Based Inhibitors of Trypsin
  作者：Kathryn A. Palasis、Victoria Peddie、Dion J. L. Turner、Xiaozhou Zhang、Jingxian Yu、Andrew D. Abell

  DOI：10.1002/cbic.202300453

  日期：2023.10.17

  The ability to photochemically activate a drug, both when and where needed, requires optimisation of the difference in biological activity between each isomeric state. As a step to this goal, we report small‐molecule‐ and peptide‐based inhibitors of the same protease—trypsin—to better understand how photoswitchable drugs interact with their biological target. The best peptidic inhibitor displayed a more than fivefold difference in inhibitory activity between isomeric states, whereas the best small‐molecule inhibitor only showed a 3.4‐fold difference. Docking and molecular modelling suggest this result is due to a large change in 3D structure in the key binding residues of the peptidic inhibitor upon isomerisation; this is not observed for the small‐molecule inhibitor. Hence, we demonstrate that significant structural changes in critical binding motifs upon irradiation are essential for maximising the difference in biological activity between isomeric states. This is an important consideration in the design of future photoswitchable drugs for clinical applications.

  摘要要想在需要的时间和地点以光化学方式激活药物，就必须优化每种异构体状态之间的生物活性差异。作为实现这一目标的一个步骤，我们报告了对同一种蛋白酶--胰蛋白酶的小分子和多肽抑制剂，以更好地了解光开关药物如何与其生物靶标相互作用。最好的多肽抑制剂在同分异构状态之间的抑制活性相差五倍以上，而最好的小分子抑制剂仅相差 3.4 倍。对接和分子建模表明，这一结果是由于多肽抑制剂的关键结合残基在异构化时发生了巨大的三维结构变化；而小分子抑制剂则没有观察到这种变化。因此，我们证明了关键结合基团在辐照时发生的重大结构变化对于最大限度地提高异构态之间的生物活性差异至关重要。这是设计未来临床应用的光开关药物的一个重要考虑因素。