5-Methyl-1-β-D-ribofuranosylbenzimidazole | 883111-90-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 苯并咪唑核糖核苷和核糖核苷酸
• 英文名称: 5-Methyl-1-β-D-ribofuranosylbenzimidazole
• 英文别名: 5-methyl-1-(β-D-erythro-pentofuranosyl)-1H-benzimidazole；(2R,3S,4R,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methylbenzimidazol-1-yl)oxolane-3,4-diol
• CAS: 883111-90-8
• 化学式: C₁₃H₁₆N₂O₄
• 分子量: 264.281
• InChiKey: PJKHTCFQJLNADB-FDYHWXHSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.2
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.46
• 拓扑面积：
  87.7
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-Methyl-1-β-D-ribofuranosylbenzimidazole 、 6-Methyl-1-β-D-ribofuranosylbenzimidazole 以2.8%的产率得到5-Methyl-1-β-D-ribofuranosylbenzimidazole 3',5'-phosphate
  参考文献：
  名称：

  1-β-d-呋喃核糖基苯并咪唑3'，5'-磷酸酯的衍生物模拟腺苷3'，5'-磷酸酯（cAMP）和鸟苷3'，5'-磷酸酯（cGMP）的作用

  摘要：

  根据MNDO方法预测的性质，设计了一系列1-β-D-呋喃呋喃糖基苯并咪唑3'，5'-磷酸酯（cBIMP）的新类似物，并由取代的苯并咪唑合成。通过MNDO方法计算每个苯并咪唑碱基的偶极子向量以及HOMO和LUMO能量，并确定cBIMP衍生物的亲脂性。通常，cBIMP衍生物激活cAMP依赖性蛋白激酶I和II，并优先结合位点B，特别是对于II型激酶，其中2-三氟甲基-cBIMP和5,6-二氟-cBIMP表现出最高的位点选择性。每个cBIMP衍生物都可以刺激cGMP刺激的环磷酸二酯酶（cGS-PDE），其中5,6-二甲基-cBIMP与cGMP一样有效，并且还可以抑制cGMP抑制的磷酸二酯酶（cGI-PDE）。仅2-三氟甲基-cBIMP和Rp-硫代磷酸酯（cBIMPS）（赤道P = S）对cPDE的水解具有抗性。如果有的话，将Sp-硫代磷酸酯缓慢水解。除了表现出高亲脂性外，用于诱导细胞凋亡和抑制增殖

  DOI：

  10.1016/0008-6215(92)85050-a
• 作为产物：
  描述：

  5-甲基苯并咪唑 在 氨 、 四氯化锡 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 5-Methyl-1-β-D-ribofuranosylbenzimidazole
  参考文献：
  名称：

  苯并咪唑核苷的区域和立体控制合成及构象分析

  摘要：

  实现了一系列苯并咪唑核苷的区域和立体控制合成及构象分析。通过1 H NMR 1D NOE实验开发了一种简单的方法，用于估计苯并咪唑核苷的顺式或反式构象。苯并咪唑的C2取代基在​​糖苷反应的意外区域选择性和最终产物的构象分布中均起着关键作用。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2005.12.047

文献信息

• Introduction of pseudo-base benzimidazole derivatives into nucleosides via base exchange by a nucleoside metabolic enzyme
  作者：Akihiko Hatano、Riki Matsuzaka、Genki Shimane、Hiroyuki Wakana、Kou Suzuki、Chisato Nishioka、Aoi Kojima、Masatoshi Kidowaki

  DOI：10.1016/j.bmc.2023.117411

  日期：2023.8

  organic synthesis, biocatalysis using enzymes provides a more stereoselective and cost-effective approach. Synthesis of unnatural nucleosides by nucleoside base exchange reactions using nucleoside-metabolizing enzymes has previously shown that the 5-position recognition of pyrimidine bases on nucleoside substrates is loose and can be used to introduce functional molecules into pyrimidine nucleosides. Here

  在替代有机合成中，使用酶的生物催化提供了一种更具立体选择性和成本效益的方法。使用核苷代谢酶通过核苷碱基交换反应合成非天然核苷先前表明，核苷底物上嘧啶碱基的5位识别是松散的，可用于将功能分子引入嘧啶核苷中。在这里，我们探索了通过嘧啶核苷磷酸化酶（PyNP）的碱基交换反应将嘌呤假碱基掺入核苷中，证明咪唑五元环是该反应的必要结构。就苯并咪唑而言，碱基交换产生脱氧核糖形式，产率 96%，核糖形式，产率 23%。该反应还用 1 H-咪唑并[4,5-b]吩嗪（一种带有附加环的苯并咪唑类似物）进行，尽管核苷的产率仅为 31%。1 H和咪唑并[4,5-b]吩嗪核苷与 PyNP (PDB 1BRW) 活性位点之间的对接模拟H-咪唑并[4,5-b]吩嗪可以用作 PyNP 的底物。因此，使用PyNP的酶促取代反应可用于将许多嘌呤假碱基和具有各种官能团的苯并咪唑衍生物掺入核苷结构中，其具有作为诊断或治疗剂的潜在用途。
• Regio- and stereocontrolled synthesis and conformational analysis of benzimidazole nucleosides
  作者：Qi Ji、Jinliang Li、Fei Ding、Jie Han、Meili Pang、Shuangxi Liu、Jiben Meng

  DOI：10.1016/j.tet.2005.12.047

  日期：2006.3

  Regio- and stereocontrolled synthesis and conformational analysis of a series of benzimidazole nucleosides were achieved. A simple method by 1H NMR 1D NOE experiment was developed for estimation of syn or anti conformation of benzimidazole nucleosides. Substituents at C2 of benzimidazole demonstrated to play a key role both in the unexpected regioselectivity of the glycosidic reaction and in the conformation

  实现了一系列苯并咪唑核苷的区域和立体控制合成及构象分析。通过1 H NMR 1D NOE实验开发了一种简单的方法，用于估计苯并咪唑核苷的顺式或反式构象。苯并咪唑的C2取代基在​​糖苷反应的意外区域选择性和最终产物的构象分布中均起着关键作用。
• Derivatives of 1-β-d-ribofuranosylbenzimidazole 3′,5′-phosphate that mimic the actions of adenosine 3′,5′-phosphate (cAMP) and guanosine 3′,5′-phosphate (cGMP)
  作者：Hans-Gottfried Genieser、Elisabeth Winkler、Elke Butt、Michaela Zorn、Susanne Schulz、Frank Iwitzki、Reinhold Störmann、Bernd Jastorff、Stein Ove Døskeland、Dagfinn Øgreid、Sandrine Ruchaud、Michel Lanotte

  DOI：10.1016/0008-6215(92)85050-a

  日期：1992.10

  A series of new analogues of 1-beta-D-ribofuranosylbenzimidazole 3',5'-phosphate (cBIMP) has been designed according to the properties predicted by the MNDO method, and synthesised from substituted benzimidazoles. Dipole vectors and HOMO and LUMO energies for each benzimidazole base were calculated by the MNDO method and the lipophilicities of the cBIMP derivatives were determined. In general, the

  根据MNDO方法预测的性质，设计了一系列1-β-D-呋喃呋喃糖基苯并咪唑3'，5'-磷酸酯（cBIMP）的新类似物，并由取代的苯并咪唑合成。通过MNDO方法计算每个苯并咪唑碱基的偶极子向量以及HOMO和LUMO能量，并确定cBIMP衍生物的亲脂性。通常，cBIMP衍生物激活cAMP依赖性蛋白激酶I和II，并优先结合位点B，特别是对于II型激酶，其中2-三氟甲基-cBIMP和5,6-二氟-cBIMP表现出最高的位点选择性。每个cBIMP衍生物都可以刺激cGMP刺激的环磷酸二酯酶（cGS-PDE），其中5,6-二甲基-cBIMP与cGMP一样有效，并且还可以抑制cGMP抑制的磷酸二酯酶（cGI-PDE）。仅2-三氟甲基-cBIMP和Rp-硫代磷酸酯（cBIMPS）（赤道P = S）对cPDE的水解具有抗性。如果有的话，将Sp-硫代磷酸酯缓慢水解。除了表现出高亲脂性外，用于诱导细胞凋亡和抑制增殖