Active Site Loop Dynamics of a Class IIa Fructose 1,6-Bisphosphate Aldolase from <i>Mycobacterium tuberculosis</i>
作者:Scott D. Pegan、Kamolchanok Rukseree、Glenn C. Capodagli、Erica A. Baker、Olga Krasnykh、Scott G. Franzblau、Andrew D. Mesecar
DOI:10.1021/bi300928u
日期:2013.2.5
Remarkably, we are able to observe well-defined electron density for the previously elusive active site loop of MtFBA trapped in a catalytically competent orientation. Utilization of this structural information and site-directed mutagenesis and kinetic studies conducted on a series of residues within the active site loop revealed that E169 facilitates a water-mediated deprotonation–protonation step of the
II 类果糖 1,6-二磷酸醛缩酶 (FBAs,EC 4.1.2.13) 包含两个醛缩酶家族之一。II 类 FBA 不是使用赖氨酸侧链的 ε-氨基形成席夫碱中间体,而是利用 Zn(II) 来稳定所提出的羟基烯醇化物中间体 (HEI),以在果糖 1,6-二磷酸的可逆裂解中形成甘油醛3-磷酸盐和磷酸二羟基丙酮 (DHAP)。由于 II 类 FBA 已被证明是致病菌所必需的,因此人们将重点放在这些酶上作为潜在的抗菌靶点。虽然来自结核分枝杆菌的 II 类 FBA 的结构研究(MtFBA)、其他细菌和原生动物已被报道,但尚未观察到负责催化 II 类 FBA 反应的质子化-去质子化步骤的活性位点环结构。因此,我们利用有效的 II 类 FBA 抑制剂磷酸甘醇羟肟酸盐 (PGH) 作为酶的 HEI 和 DHAP 结合形式的模拟物,并将 MtFBA-PGH 复合物的 X 射线结构确定为 1.58 Å。值