在生物信息学分析中,序列比对是基因功能研究、进化分析、变异检测等工作的基础步骤。Ensembl作为全球最权威的基因组数据库之一,其内置的BLAT(BLAST-Like Alignment Tool)工具凭借高效、精准的特点,成为科研人员的“必备神器”。今天给大家带来Ensembl-BLAT序列比对工具的保姆级使用教程。
对于科研工作者和学生而言,选择合适的期刊投稿是研究成果“落地”的关键一步。然而,面对海量期刊,如何高效筛选出与研究方向匹配、且兼具权威性和审稿效率的期刊?今天为大家推荐几款实用的期刊查询工具,助你事半功倍。
STRING数据库(https://cn.string-db.org/)是一个专注于蛋白质相互作用(PPI)分析的综合性平台,支持多物种的蛋白互作网络构建与可视化,是研究蛋白质功能和互作的重要工具。该数据库整合了多种数据来源,包括实验室实验、文献报道和计算预测,以提供全面的相互作用网络。本文介绍一下这个数据库的基本使用方法。
MestReNova15 是一款由西班牙 Mestrelab Research 公司开发的综合性分析软件,专注于核磁共振(NMR)、质谱(MS)以及多种光谱数据的处理、分析和报告。该软件以其强大的功能和广泛的兼容性,成为学术界和工业界广泛使用的工具。
Jade是一款功能强大、操作简便的X射线衍射(XRD)分析软件。通过对材料进行X射线衍射,分析其衍射图谱,可获得材料的成分、材料内部原子或分子的结构或形态等信息。本文我们将简单的介绍下XRD的数据分析,利用JADE5.0软件对衍射数据进行点阵常数计算及晶粒大小和微观应变计算做简要的介绍。
在一些需要仪器半高宽计算的处理前,必须设置好仪器的半高宽。制作衍射半峰宽曲线目的是校正仪器的“固有宽度”。Jade使用标准样品来制作一条随衍射角变化的半高宽曲线,当该曲线制作完成后,保存到参数文件中,以后测量所有的样品都使用该曲线所表示的半高宽作为仪器宽度。
Jade允许在窗口中同时显示多个图谱,这样便于同系列样品的结果比较。一次读入多个文件:首先导入需要处理的图谱,点击“File”,选择“Patterns”,在跳出的“Read Pattern Files”对话框中选择路径。
衍射峰一般都可以用一种“钟罩函数”来表示,拟合的意义就是把测量的衍射曲线表示为一种函数形式。在作“点阵常数精确测量”、“晶粒尺寸和微观应变测量”和“残余应力测量”等工作前都要经过“扣背景”“图形拟合”的步骤。常用工具栏中的拟合命令将全谱拟合,但有时因为窗口中峰太多,计算受阻而不能进行,此时需要用到手动拟合按钮。
近几年来X射线衍射分析技术发展迅速,XRD越来越受到广大科研人员的重视。XRD技术理论和XRD教学在钢铁冶金、冶金建材、能源环保、电子信息、新药研发、航空航天、石油化工等领域都得到广泛的应用。随着X射线衍射技术的发展,XRD分析和表征在科研学习中的应用不断向纵深方向上拓展延伸。本文简单的介绍下XRD的数据分析,Jade软件的寻峰与物相检索使用教程!
X射线衍射是最基本的物相表征手段,而Jade是处理多晶粉末X射线衍射数据强有力的方便工具。因此,Jade深受材料和化学研究人员的青睐。今天,我们详细的给大家介绍一下 Jade常用菜单栏及工具栏的使用方法,希望能给大家带来一些帮助。
ade是一款功能强大、操作简便的X射线衍射(XRD)分析软件。Jade、PDF-4-2009和Findit软件共同构成了一个强大的XRD分析系统。Jade提供全面的数据处理和分析功能,PDF-4-2009专注于标准卡片的查询,而Findit则方便用户快速获取所需的PDF卡片。这三款软件的结合使用大幅提升材料科学研究中的XRD分析能力。本文简单介绍下Jade、PDF-4-2009和Findit软件的安装。
BLAT(BLAST-Like Alignment Tool)是由UCSC基因组浏览器团队开发的快速序列比对工具,主要用于将DNA或蛋白质序列快速比对到参考基因组,适用于精确定位序列在基因组中的位置(如外显子、基因结构等)。BLAT用于查找mRNA或蛋白质在基因组中的位置,查看基因外显子的结构,显示全长基因的编码区域,分离一个物种的EST,查找基因家族,
BRENDA酶数据库是由德国科隆大学维护的酶学专业综合性数据库,收录超过130万个酶的数据。它为科学家和研究人员提供了一个宝贵的资源,用于查询和比较不同生物体中酶的详细特性。这些酶根据 Enzyme Commission 酶列表进行分类。涵盖来自 6710 个不同 EC 编号的酶。
NCBI的BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种广泛用于序列比对的工具,可以帮助用户将目标序列与数据库中的序列进行比对,找到相似或者一致的序列。通过序列比对,还可以进一步研究该序列是否有已知的蛋白质序列和结构信息,了解其行使的功能,也能对相似序列进行系统发生树(phylogenetic tree)的构建。
Reaxys的药物化学模块Reaxys Medicinal Chemistry(以下简称“RMC”)是目前全球最大的小分子生物活性相关的药物化学数据库,涵盖了约880万个具有生物活性的化合物,4,800万条生物活性数据,42,000个可成药靶点等,包括体内、体外药物动力学实验以及毒性实验数据。今天,我们就来为大家讲解一下RMC使用指南!
医学公共数据库对生信分析具有不可估量的意义,它不仅提供了海量且多样化的数据资源,涵盖了丰富的样本数据以及包括基因表达、蛋白质相互作用、代谢组学和表观遗传学等在内的多种数据类型,为生信分析奠定了坚实的数据基础并助力从多角度深入探究生物学问题。今天为大家介绍几个医学领域常用的公共数据库及它们的数据资源获取方式。主要为:NCDB、SEER、TCGA、MIMIC!
今天继续为大家带来医学科研翻译工具终极测评第二期:应用类——DeepL/Google翻译/阿里翻译/腾讯交互翻译/爱特曼医学翻译