国家基因组科学数据中心(NGDC)，实用功能全解！

国家基因组科学数据中心
NGDC

唯思派 10/18

上一期我们已经初步了解了国家基因组科学数据中心(NGDC)的数据组成，错过的小伙伴可以查看：生信宝藏 | 国家基因组科学数据中心(NGDC)——中国人自己的数据库！那这一期跟随小编一起进入NGDC的实用功能全解析吧！

National Genomics Data Center（NGDC）国家基因组数据科学中心（https://ngdc.cncb.ac.cn）是由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）建设和维护的重要生物数据平台，致力于收集、整合、存储和分析全球基因组学及相关组学数据，为生命科学研究提供数据共享和分析服务。

该中心主要数据库包括：组学原始数据归档库（GSA）、基因组序列数据库（GWH）、基因组变异库（GVM）、生物项目数据库（BioProject）、生物样本数据库（BioSample）、人类遗传资源原始数据归档库（GSA-Human）等，涵盖基因组学、转录组学、表观组学、蛋白质组学等多组学数据资源。这些数据库严格遵循国际数据标准，支持数据提交、检索、分析和可视化，为全球科研人员提供高质量的生物大数据服务，推动基因组学研究的开放共享和创新发展。

一、文献搜索

OpenLB（开放生物科学图书馆）面向科研人员提供海量生物医学文献的免费访问服务，同时整合了CNCB-NGDC关联资源的直达路径。该平台汇聚了来自NCBI PubMed、bioRxiv及medRxiv的学术文献，内容涵盖标题、摘要、作者信息、期刊来源及参考文献等元数据字段。

a. 访问子库https://ngdc.cncb.ac.cn/openlb/home

b. 在搜索框内填写目标文章的标题、作者姓名、期刊名称或相关关键词后，点击 "Search" 按钮触发检索，系统将引导至结果展示页面。用户可在该页面设置筛选条件，使系统仅呈现满足特定要求的条目；若需查阅单篇文献详情，直接点击对应文章标题即可访问摘要等核心信息。

二、GeneBank下载

GenBase 是中国建设以对标美国国家生物技术信息中心（NCBI） GenBank 数据库为目标的综合性平台。该平台致力于存储、管理并共享来自所有物种的基因序列、注释信息及其对应的编码蛋白质序列。通过提供一系列专门的 Web 服务，GenBase 支持研究者完成从基因序列数据的汇交、安全存储、规范发布到便捷共享的全过程。此外，GenBase 整合了国际核苷酸序列数据库协作组织 (INSDC) 发布的核酸和蛋白质序列资源，此举显著提升了国内科研工作者在数据查询和数据获取方面的效率。

a. 访问子库GenBasehttps://ngdc.cncb.ac.cn/genbase/

b. 利用基因名称或 Accession 编号进行查询，系统将返回匹配的核酸序列数据或蛋白质序列数据。

c. 根据搜索结果下载核酸或蛋白质序列。

三、NCBI 镜像数据快速下载

NGDC 同步维护了 NCBI 等主流国际数据库的镜像资源，旨在为国内科研人员提供更高速的数据下载体验。

SRA下载

作为国内首个组学原始数据归档平台，GSA已实现NCBI SRA数据库的全量元数据整合，并自2022年4月20日起同步更新其增量数据（涵盖元数据与原始序列数据）。当前，GSA不仅支持对NCBI SRA数据库的全方位检索，还为研究人员提供INSDC关联数据库的标准数据访问入口及新增数据的本地化访问通道。

a. 访问子库https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/

b. 输入想要查询的GSA编号信息，例如CRA009877，可以找到对应的原始数据的详细信息，数据下载框点击下载链接进行下载。