精准肿瘤基因知识宝库——OncoKB 数据库使用介绍！

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唯思派 08/14

在癌症治疗进入精准医学时代的今天，如何快速解读肿瘤基因检测报告中的海量变异信息？纪念斯隆-凯特琳癌症中心开发的OncoKB数据库，正成为全球肿瘤医生的“智能导航”。今天我们就一起来了解一下，OncoKB数据库的主要功能和简单使用方法。

1. OncoKB数据库介绍

OncoKB（Precision Oncology Knowledge Base），网址：https://www.oncokb.org/，该数据库是获得FDA认可的人类基因组变异数据库，该数据库由Memorial Sloan Kettering Cancer Center开发并维护，以肿瘤患者基因突变为基础，收录突变对应的靶向药物使用、生物学与肿瘤学效应，以及突变在人群中分布频率和临床预后特征等信息。

OncoKB数据来源包括FDA、NCCN、ASCO或ESMO会议论文、肿瘤领域专家共识和论文文献，以及cBioPortal，COSMI等公共数据库，目前包含 143 种肿瘤相关的 939 个基因的 7950 种突变数据以及相对应的 154 种药物注释信息，每条信息经过临床基因组学注释委员会(Clinical Genomics Annotation Committee, CGAC)的定期审阅与修订。

在 OncoKB 官网主页中可以看到四种类型（治疗、诊断、预后和 FDA）的分级，每种类型的分级均不同，接下来以治疗水平为例进行说明。

1. 治疗水平证据

Level 1：FDA批准的生物标志物（如EGFR L858R突变预示奥希替尼疗效）。
Level 2：NCCN指南推荐的靶点（如HER2扩增指导曲妥珠单抗治疗）。
Level 3A/B：临床试验或体外研究验证的潜在靶点（如RET融合阳性肺癌对普拉替尼敏感。
Level 4：高质量细胞或动物实验文献研究报道的，作为某药物治疗肿瘤疗效潜在靶标的突变。
R1/R2：肿瘤耐药相关突变信息，R1为肿瘤标准治疗中可以作为FDA批准的药物耐药指标的突变信息，R2为某药物治疗肿瘤产生耐药的相关突变信息临床研究证据。

在治疗水平上每个级别对应的 FDA 水平如下：

治疗水平与 AMP/ASCO/CAP 对应。

2.诊断级别证据

Dx1：该适应症的诊断需要FDA或专业指南认可的生物标志物
Dx2：FDA或专业指南认可的支持该适应症诊断的生物标志物
Dx3：基于临床证据的适应症中可能有助于疾病诊断的生物标志物

3.预后水平证据

Px1：基于一项（或多项）有力研究的 FDA或专业指南认可的生物标志物。
Px2：基于单个或多个小型研究，FDA或专业指南认可的该适应症的生物标志物。
Px3：生物标志物在该适应症中基于临床证据具有预后作用。

2、主要功能

1. 多维度数据分层

点击 "Actionable Genes" 标签，可以查看四种类型在各个等级所代表的基因、引起的突变、对应的肿瘤类型和关联的药物信息。

2. 智能化检索与可视化

检索场景：支持按肿瘤类型、药物名称或基因突变查询，能够快速匹配Level 1-4及R1/R2 级数据。

例如，检索乳腺癌(Breast cancer)

可以看到 30 个相关基因（如 AKT1、BRAF、ERBB2）及 57 种推荐药物。

点击"AKT1" 这个基因，可以跳转基因详情页

基因详情页：提供突变位点结构图、功能注释、跨癌种分布及参考文献（如ERS1基因的抑癌/致癌双重角色）。

图像下载与引用：用户可下载基因突变示意图，并引用Nature Medicine等权威文献支持研究。

3. OncoKB数据库操作演示

点击Cancer Genes可预览该数据库收录的全部肿瘤相关的基因突变信息：

第一列：基因名称

①列打“√”的基因表示被OncoKB收录有注释信息，标“信封”的表示可点击信封标志申请添加注释信息；

②列为肿瘤学功能，TSG为抑癌基因，Ocongene为癌基因；

③列为注释信息来源；

④列为数据来源的总数。各列标题右下角的小箭头均可点击进行排序，表格右上角提供检索功能。

Actionable Genes为OncoKB核心功能模块，点击进入功能页面，可以看到依次有Level 1~4和Level R1/R2级别的数据，提供以肿瘤类型、药物和突变基因名三种方式进行检索。

以乳腺癌为例，在Search Tumor Type栏输入或下拉选择Breast cancer，回车可得到检索结果，共有21个基因及对应的37种药物注释信息，其中Level1~4包含的基因分别为6、2、4和11个，LevelR1~2包含的基因分别为0和2个。页面下拉可以看到不同级别对应的基因名称、突变类型和相关药物。