虚拟筛选是指在进行生物活性筛选之前，根据预先设定的条件，在计算机上对化合物分子进行预筛选，以识别出最可能与靶标结合的小分子，从而大大降低实际筛选化合物数目，同时提高先导化合物的发现效率。基于结构的虚拟筛选在药物发现中发挥着重要作用，相较于传统实验筛选，大量减少了人力，物力成本。
根据输入信息和筛选目标的不同，虚拟筛选分为两类：SBVS和LBVS。
1.基于受体生物大分子结构的虚拟筛选 (structure-based virtual screening, SBVS)
也称为基于结构的虚拟筛选，据实验测定的或同源模建的受体生物大分子的三维结构，通过分子对接的方法，确定小分子与受体的结合构象，根据与结合能相关的亲合性打分函数对蛋白和小分子化合物的结合能力进行评价，最终从大量的化合物分子中挑选出结合模式比较合理的、预测得分较高的化合物，用于后续的生物活性测试。
2.基于配体小分子的虚拟筛选 (ligand-based virtual screening, LBVS)
基于配体的虚拟筛选即基于药效团模拟的虚拟筛选，是根据现有药物的结构、理化性质和活性关系的分析，建立定量构效关系或药效基团模型，预测筛选新化合物的活性。
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多种检索方式
Chemspace支持结构检索、文本检索以及直接上传文件检索，包括但不限于smiles、inchikey、cas等标识符，分子名称、货号等多种方式。结构式检索可选择精准检索，相似性检索，子结构检索等，并可筛选目标化合物是否包含立体异构体和成盐化合物。
可订购分子多样性
产品被分为库存分子砌块，筛选分子，按需定制化合物等多种类型，并可按需筛选价格、分子量、规格、供应商等。
提供多样性的多种化合物集
包括具有特定物理化学特征或性质的分子，如片段类（fragment-like）、先导类（lead-like），或者用于靶向一类生物靶标（如激酶）或某个特定蛋白（如 DYRK1A）。这些化合物库可作为SD文件下载，还可以根据针对靶标进行的相似性搜索或虚拟筛选结果，进一步选择任意数量的化合物 。
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