N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-nitro-1H-pyrrole-2-carboxamide | 65361-30-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-nitro-1H-pyrrole-2-carboxamide
• 英文别名: 3-(1-methyl-4-nitropyrrole-2-carboxamido)dimethylaminopropane；N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-nitropyrrole-2-carboxamide
• CAS: 65361-30-0
• 化学式: C₁₁H₁₈N₄O₃
• 分子量: 254.289
• InChiKey: DFYMSNOGJHFYHH-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 熔点：
  130-131 °C
• 沸点：
  430.2±40.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.22±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.5
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  83.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-nitro-1H-pyrrole-2-carboxamide 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 20.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 11.0h， 生成 3-(1-methyl-4-(1-methyl-4-(1-methyl-4-aminopyrrole-2-carboxamido)pyrrole-2-carboxamido)pyrrole-2-carboxamido)dimethylaminopropane
  参考文献：
  名称：

  小沟粘合剂作为抗肺癌治疗剂的评估

  摘要：

  通过针对黑素瘤癌细胞系B16-F10进行筛选，评估了一系列47种结构多样的MGB（源自天然产物双歧霉素）的抗肺癌活性。已经发现有五种化合物具有显着的活性，比标准疗法吉西他滨具有更多的活性。此外，已发现一种化合物的活性约为吉西他滨的70倍，且选择性指数大于125。此外，初步研究表明该化合物具有代谢稳定性，因此代表了进一步优化的先导寻求一种新型的肺癌治疗方法。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2016.06.040
• 作为产物：
  描述：

  N-甲基吡咯 在 硝酸 、 乙酸酐 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 42.0h， 生成 N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-nitro-1H-pyrrole-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  基于结构的DNA小沟结合剂药物设计及其抗菌和抗癌特性评价

  摘要：

  抗菌素和化疗耐药性正在日益成为最重要的医疗问题。然而，新型抗菌剂和抗癌剂的研究仍然落后。根据报道的医学应用，DNA 小沟结合物 (MGB) 值得探索。在这项研究中，采用基于结构的药物设计方法生成了 11 种 MGB 化合物，其中包括一类新型生物活性炔连接的 MGB。 NCI 筛选方案用于评估目标 MGB 的抗肿瘤活性。此外，使用这些 MGB 对 6 种医学相关细菌进行了各种杀菌、细胞致病性、MIC90 和细胞毒性测定： 、 、 和 。此外，利用分子对接、分子动力学模拟、DNA熔解和等温滴定量热法（ITC）分析来探索最有效的MGB和DNA双链体d（CGACTAGTCG）之间的结合模式和相互作用。 NCI 结果表明，炔连接的 MGB（26 和 28）在 NCI-60 组中表现出最显着的生长抑制作用。此外，化合物MGB3、MGB4、MGB28和MGB32显示出显着的杀菌作用，抑制和介导细胞病变性，并且表现出低细胞毒性。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2024.116440

文献信息

• Synthesis of Chiral Pyrrolidine Isostere Inserted into Pyrrole Polyamide Skeleton
  作者：Chun-Yu Lin、Ya-Ting Yang、Chi Wi Ong

  DOI：10.1002/jccs.201100603

  日期：2012.3

  and general route towards the synthesis of a series of chiral pyrrolidine pyrrole polyamide distamycin analogues starting from (L)‐hydroxyproline is described. The binding abilities of these chiral pyrrolidine containing molecules to calf thymus DNA were evaluated by duplex DNA melting temperature analysis. The results revealed that both the chirality at the pyrrolidine ring and the site of incorporation

  描述了一种从（L）-羟基脯氨酸开始合成一系列手性吡咯烷吡咯吡咯聚酰胺二胺类似物的有效途径。通过双链DNA解链温度分析评估了这些手性含吡咯烷的分子与小牛胸腺DNA的结合能力。结果表明，在吡咯烷环上的手性和结合位点对于在双链DNA上的结合都起着重要的作用。
• Enhanced sequence specific recognition in the minor groove of DNA by covalent peptide dimers: bis(pyridine-2-carboxamidonetropsin)(CH2)3-6
  作者：Milan Mrksich、Peter B. Dervan

  DOI：10.1021/ja00075a004

  日期：1993.11

  The designed peptide pyridine-2-carboxamidonetropsin (2-PyN) binds to the minor groove of double-helical DNA at two very different sequences, 5'-TTTTT-3' and 5'-TGTCA-3', with comparable energetics but quite different structures. 2-PyN likely binds the 5'-TTTTT-3' site as a 1:1 complex, whereas 2-PyN binds 5'-TGTCA-3' sites as a 2:1 complex. In order to enhance the binding affinity of 2-PyN for the

  设计的肽 pyridine-2-carboxamidonetropsin (2-PyN) 以两个非常不同的序列 5'-TTTTT-3' 和 5'-TGTCA-3' 与双螺旋 DNA 的小沟结合，具有可比的能量，但相当不同的结构。2-PyN 可能与 5'-TTTTT-3' 位点结合为 1:1 复合物，而 2-PyN 与 5'-TGTCA-3' 位点结合为 2:1 复合物。为了增强 2-PyN 对 5'-TGTCA-3' 位点的结合亲和力，已经合成了 2-PyN 的共价连接二聚体，其中中心吡咯的氮与丙基、丁基、戊基和己基相连链接器。DNase I 足迹滴定实验表明，这些双 (吡啶-2-羧酰胺内毒素)(CH_2)_(3-6) 肽与 5'-TGTCA-3' 位点的结合亲和力是 2-PyN 的 10 倍.
• Highly Efficient Sequence-Specific DNA Interstrand Cross-Linking by Pyrrole/Imidazole CPI Conjugates
  作者：Toshikazu Bando、Akihiko Narita、Isao Saito、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/ja028459b

  日期：2003.3.1

  of DNA interstrand cross-linking agent by synthesizing dimers of a pyrrole (Py)/imidazole (Im)-diamide-CPI conjugate, ImPyLDu86 (1), connected using seven different linkers. The tetramethylene linker compound, 7b, efficiently produces DNA interstrand cross-links at the nine-base-pair sequence, 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3', only in the presence of a partner triamide, ImImPy. For efficient cross-linking by

  我们通过合成吡咯 (Py)/咪唑 (Im)-二酰胺-CPI 偶联物 ImPyLDu86 (1) 的二聚体，使用七种不同的接头连接，开发了一种新型 DNA 链间交联剂。四亚甲基接头化合物 7b 仅在伴侣三酰胺 ImImPy 存在的情况下有效地在九个碱基对序列 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3' 处产生 DNA 链间交联。为了通过 7b 与 ImImPy 进行有效交联，需要两个识别位点之间的一个 AT 碱基对来容纳接头区域。消除 AT 碱基对和插入额外的 AT 碱基对并用 GC 碱基对替换显着降低了交联程度。在存在各种三酰胺的情况下，还检查了 7b 的链间交联的序列特异性。与 ImImPy 相比，ImImIm 的存在略微减少了交联产物的形成。错配伙伴 ImPyPy 和 PyImPy 不与 7b 产生链间交联产物，而 ImPyPy 和 PyImPy 在其与 7b 的匹配位点诱导有效烷基化。使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和
• High Affinity, Sequence Specific DNA Binding by Synthetic Tripyrrole-Peptide Conjugates
  作者：Juan B. Blanco、Olalla Vázquez、José Martínez-Costas、Luis Castedo、José L. Mascareñas

  DOI：10.1002/chem.200500010

  日期：2005.7.4

  basic region of a bZIP transcription factor to a distamycin-like tripyrrole peptide by means of a nitrogen-containing tether produces a hybrid capable of high-affinity recognition of specific, designated DNA sequences. The importance of the nitrogen in the tether is shown by the considerable reduction in affinity (more than 10-fold) caused by its replacement with an ether linkage. Attachment of an

  通过含氮系链将bZIP转录因子的基本区域连接至双霉素样三吡咯肽，可产生能够高亲和力识别特定的指定DNA序列的杂合体。氮在系链中的重要性由其被醚键取代引起的亲和力显着降低（超过10倍）表明。氨基丙基链在邻近带有含氮系链的吡咯的吡咯上的连接将亲和力增加约一个数量级。这些结果证实，质子化的胺基在设计的DNA结合肽上的合适位置提供了更高的亲和力，这很可能是由于与磷酸二酯主链形成了盐桥联的接触。
• Design, synthesis and biological evaluation of new oligopyrrole carboxamides linked with tricyclic DNA-intercalators as potential DNA ligands or topoisomerase inhibitors
  作者：Marie-Hélène David-Cordonnier、Marie-Paule Hildebrand、Brigitte Baldeyrou、Amelie Lansiaux、Christoph Keuser、Kerstin Benzschawel、Thomas Lemster、Ulf Pindur

  DOI：10.1016/j.ejmech.2006.12.039

  日期：2007.6

  of the design and synthesis of minor groove binding and intercalating DNA ligands some new oligopyrrole carboxamides were synthesized. These hybrid molecules (combilexins) possess a variable and conformatively flexible spacer at the N-terminal end. As intercalating tricyclic systems acridone, acridine, anthraquinones and in a special case iminostilbene terminate the N-terminal end of the pyrrole chain

  在小沟结合和嵌入DNA配体的设计和合成过程中，合成了一些新的寡吡咯羧酰胺。这些杂合分子（combilexins）在N末端具有可变的和构象柔性的间隔基。作为插入的三环系统，cri啶酮，a啶，蒽醌以及在特殊情况下的亚氨基二苯乙烯终止了吡咯链的N末端。通过NCI抗肿瘤筛选检查了细胞毒性，此外，还进行了生物物理和生化研究，以便获得有关该新系列分子的DNA结合特性和拓扑异构酶抑制作用的一些信息。