Vitamin B_12r

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 四吡咯及其衍生物
• 英文名称: Vitamin B_12r
• 英文别名: cobalt(2+);3-[(1R,2S,3S,5Z,7S,8S,9Z,13S,14Z,17R,18R,19R)-2,7,18-tris(2-amino-2-oxoethyl)-17-[3-[[(2R)-2-[[(2R,3S,4R,5S)-5-(5,6-dimethyl-3H-benzimidazol-1-ium-1-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphoryl]oxypropyl]amino]-3-oxopropyl]-3,13-bis(3-imino-3-oxidopropyl)-1,2,5,7,12,12,15,17-octamethyl-3,8,13,18,19,22-hexahydrocorrin-8-yl]propanimidate
• 化学式: C₆₂H₈₈N₁₃O₁₄P*Co
• 分子量: 1329.43
• InChiKey: ASARMUCNOOHMLO-DSRCUDDDSA-L

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.31
• 重原子数：
  91
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.63
• 拓扑面积：
  452
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  19

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  甲醚 、 Vitamin B_12r 在 盐酸 、 sodium hydroxide 、 vanadium(III) chloride 、 硫酸 、 双氧水 、 iron(II) sulfate 作用下， 以 水 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  维生素 B12 及相关化合物的研究，50 在“氧化-还原”条件下由醛、醇和醚生成的维生素 B12r 和自由基合成取代的烷基钴胺素。辅酶 B12 的新合成 [1]

  摘要：

  醛、醇和醚在还原条件下氧化产生的有机自由基被维生素 B12r 捕获，产生取代的有机钴胺素。由高级正烷基醛形成酰基钴胺素。使用乙醛，由于 CH3CO· 自由基的自发脱羰，得到乙酰钴胺素和甲基钴胺素的混合物。由饱和醇生成正羟基烷基钴胺素，而正构烷氧基烷基钴胺素在与醚生成的自由基的相应反应中形成。如果在有机底物氧化过程中保持还原条件，则可获得最大的有机钴胺素产量。这可以通过使用 V(III) 盐作为还原剂和缓慢加入氧化剂（例如 O2、H2O2、芬顿试剂、或电化学产生的氧化等效物）。与 5'-脱氧腺苷一起形成 5'-脱氧腺苷钴胺素。

  DOI：

  10.1515/znb-1980-0515
• 作为产物：
  描述：

  hydroxocobalamin hydrochloride 在 potassium formate 作用下， 以 水 为溶剂， 生成 Vitamin B_12r
  参考文献：
  名称：

  来自沙门氏菌的 EutT 腺苷转移酶的光谱研究：四配位 Co(II)Cbl 形成的机制

  摘要：

  来自沙门氏菌的 EutT 是一类被称为 ATP:Co(I)rrinoid 腺苷转移酶 (ACAT) 的酶的成员，与腺苷钴胺素 (AdoCbl) 的生物合成有关。在共底物 ATP 存在的情况下，ACAT 通过形成独特的四配位，将其 cob(II)alamine [Co(II)Cbl] 底物的 Co(II)/Co(I) 还原电位提高 >250 mV。 4c) Co(II)Cbl 物质，从而促进形成 AdoCbl 产物所需的“超亲核”cob(I) 胺中间体。先前对 EutT 的动力学研究揭示了 HX11CCX2C(83) 基序对催化活性的重要性，并提出了该基序中的残基作为二价过渡金属辅因子 [例如 Fe(II) 或 Zn( II)]。这个主题在其他 ACAT 家族中是不存在的，表明 EutT 采用独特的 AdoCbl 形成机制。为了评估与 HX11CCX2C(83) 基序结合的金属离子如何影响 EutT

  DOI：

  10.1021/jacs.5b11708

文献信息

• Studies on Vitamin B₁₂ and Related Compounds, 51 [1] Direct Syntheses of Alkylcobalamins from Alkanes and Vitamin B_12r under "Oxidizing-Reducing" Conditions
  作者：Abdussalam Maihub、Hui Bi Xu、Gerhard N. Schrauzer

  DOI：10.1515/znb-1980-1122

  日期：1980.11.1

  n-alkylcobalamins from n-alkanes (C2→C10) and vitamin B12r are described. The compounds are formed under "oxidizing-reducing" conditions: Oxygen radicals (O2-, HOO·, and HO·) are generated from the reaction of O2 with reducing metal ions, notably V+3 (aq) and abstract hydrogen from the alkane substrates. The resulting alkyl radicals are captured by vitamin Bj2r with high efficiency to yield alkylcobalamins

  摘要描述了从甲烷合成甲基钴胺素，以及从正烷烃 (C2→C10) 和维生素 B12r 合成正烷基钴胺素。这些化合物是在“氧化-还原”条件下形成的：氧自由基（O2-、HOO·和 HO·）是由 O2 与还原性金属离子（特别是 V+3 (aq)）反应生成的，并从烷烃中提取氢基材。生成的烷基自由基被维生素 Bj2r 高效捕获以产生烷基钴胺素。反应在室温下在弱碱性或酸性溶液中进行。除了正烷基钴胺素之外，还报道了从新戊烷制备新戊基钴胺素、从异丁烷制备异丁基钴胺素和从环烷烃制备几种环烷基钴胺素的方法。在“氧化-还原”条件下由 CH4 在 D2O 中生成的甲基自由基
• Effect of amino acids on the interaction between cobalamin(II) and dehydroascorbic acid
  作者：I. A. Dereven’kov、Thu Thuy Bui Thi、D. S. Salnikov、S. V. Makarov

  DOI：10.1134/s0036024416030080

  日期：2016.3

  presence of sulfur-containing amino acids (cysteine, acetylcysteine). A proposed reaction mechanism includes the step of amino acid coordination on the Co(II)-center through the sulfur atom, along with that of the interaction between this complex and DHA molecules, which results in the formation of ascorbyl radical and the corresponding Co(III) thiolate complex.

  研究了在酸性介质中单电子还原的钴胺素（cobalamin（II），Cb（II））与维生素C（脱氢抗坏血酸，DHA）的两电子氧化形式与氨基酸之间的反应动力学。常规的紫外可见光谱。结果表明，只有在含硫氨基酸（半胱氨酸，乙酰基半胱氨酸）存在下，脱氢抗坏血酸才能氧化Cbl（II）。拟议的反应机理包括通过硫原子在Co（II）中心进行氨基酸配位的步骤，以及该配合物与DHA分子之间相互作用的步骤，从而导致抗坏血酸基团和相应的Co（ III）硫醇盐络合物。
• Coα-(1H-Imidazolyl)-Coβ-methylcob(III)amide: Model for Protein-Bound Corrinoid Cofactors
  作者：Mario Fasching、Wolfgang Schmidt、Bernhard Kräutler、Erhard Stupperich、Andrea Schmidt、Christoph Kratky

  DOI：10.1002/1522-2675(20000906)83:9<2295::aid-hlca2295>3.0.co;2-t

  日期：2000.9.6

  Therefore, the replacement of the 5′,6′-dimethyl-1H-benzimidazole base by an 1H-imidazole moiety, as observed in methyl transferases and in C-skeleton mutases, does not by itself strongly alter the inherent reactivity of the B12 cofactors in the crucial homolytic and nucleophilic-heterolytic reactions involving the organometallic bond, but may help to enhance the control of the organometallic reactivity

  Coα-(1H-Imidazol-1-yl)-Coβ-methylcob(III)amide (4) 由 (1H-imidazol-1-yl)cob(I)amide 的甲基碘化合成，通过电化学还原获得Coα-(1H-imidazol-1-yl)-Coβ-氰钴 (III) 酰胺 (5)。光谱数据和单晶X射线结构分析表明4在溶液和晶体中表现出基础结构。轴向 Co-N 和 Co-CH3 键的关键长度也从晶体学数据中得出，并发现它们比甲基钴 (III) 胺 (2) 中的长度分别小 0.1 和 0.02 A。4 的数据支持这样的观点，即通过 X 射线晶体学确定的 B12 依赖性甲硫氨酸合酶、甲基丙二酰辅酶 A 变位酶和谷氨酸变位酶的“长”轴向 Co-N 键代表拉伸的 Co-N 键。通过研究水溶液中的 Me 基团转移平衡和使用 (5' ,6'-dimethyl-1H-benzimidazol-1-yl
• Reduction of Cob(III)alamin to Cob(II)alamin in <i>Salmonella enterica</i> Serovar Typhimurium LT2
  作者：Maris V. Fonseca、Jorge C. Escalante-Semerena

  DOI：10.1128/jb.182.15.4304-4309.2000

  日期：2000.8

  and flavin adenine dinucleotide [FAD]) and cob(III)alamin to cob(II)alamin very efficiently. Photochemically reduced FMN substituted for Fre in the reduction of cob(III)alamin to cob(II)alamin, indicating that the observed cobalamin reduction activity was not Fre dependent but FMNH(2) dependent. Enzyme-independent reduction of cob(III)alamin to cob(II)alamin by FMNH(2) occurred at a rate too fast to

  将钴胺素的钴离子从Co（III）还原为Co（I）氧化态对于合成腺苷钴胺素（该辅因子的辅酶形式）至关重要。肠炎沙门氏菌鼠伤寒沙门氏菌LT2中的cob（II）阿拉明还原酶活性被分离到同质。均质蛋白的N端分析确定NAD（P）H：黄素氧化还原酶（Fre）（EC 1.6.8.1）是负责此活性的酶。克隆了fre基因，并通过镍亲和色谱将过表达的蛋白在其N端带有一个组氨酸标签。带有组氨酸标签的Fre将黄素（黄素单核苷酸[FMN]和黄素腺嘌呤二核苷酸[FAD]）和cob（III）阿拉明有效地还原为cob（II）阿拉明。光化学还原的FMN取代了Fre，将Cob（III）阿拉明还原为Cob（II）阿拉明，表明观察到的钴胺素还原活性不是Fre依赖性的，而是FMNH（2）依赖性的。FMNH（2）以酶非依赖性的方式将Cob（III）阿拉明还原为Cob（II）阿拉明的速度太快，无法测量。通过用碘乙酸酯将钴（I）阿拉明亲
• Three-Dimensional Structure of ATP:Corrinoid Adenosyltransferase from <i>Salmonella typhimurium</i> in Its Free State, Complexed with MgATP, or Complexed with Hydroxycobalamin and MgATP^,
  作者：Cary B. Bauer、Maris V. Fonseca、Hazel M. Holden、James B. Thoden、Thomas B. Thompson、Jorge C. Escalante-Semerena、Ivan Rayment

  DOI：10.1021/bi002145o

  日期：2001.1.1

  N-terminal helix of the symmetry-related subunit. Interestingly, there are few interactions between the protein and the polar side chains of the corrin ring which accounts for the broad specificity of this enzyme. The corrin ring is oriented such that the cobalt atom is located approximately 6.1 A from C5' of the ribose and is beyond the range of nucleophilic attack. This suggests that a conformational

  在鼠伤寒沙门氏菌中，腺苷钴胺素的生物合成途径中钴-碳键的形成是由cobA基因的产物催化的，该产物编码196个氨基酸残基的蛋白质。这种酶是一种ATP：co（I）类rinrinoid腺苷转移酶，可将腺苷部分从MgATP转移到广泛的co（I）rrinoid底物上，据信这些底物包括cobinamide，其前体cobyric酸以及可能尚未鉴定的其他物质，以及羟考巴兰。此处报道了CobA的三种X射线结构：无底物形式，CobA与MgATP的复合物以及CobA与MgATP和羟基钴胺素的三元复合物，分别达到2.1 A，1.8 A和2.1 A的分辨率。这些结构表明该酶是同源二聚体。在载脂蛋白结构中 多肽链从Arg（28）延伸到Lys（181），由从六链平行β-折叠（链顺序为324516）构建的α/β结构组成。此折叠的拓扑结构与RecA中观察到的非常相似蛋白质，解旋酶结构域，F（1）ATPase和腺苷酸科宾酰胺