1-(1,3-anhydro-β-D-psicofuranosyl)cytosine | 53263-38-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二氧环庚烷
• 英文名称: 1-(1,3-anhydro-β-D-psicofuranosyl)cytosine
• 英文别名: 1-(1',3'-O-anhydro-β-D-psicofuranosyl)cytosine；1-(1,3-Anhydro-β-D-psicofuranosyl)cytosin；4-amino-1-(β-D-1,3-anhydro-psicofuranosyl)-1H-pyrimidin-2-one；4-amino-1-[(1R,3R,4R,5R)-4-hydroxy-3-(hydroxymethyl)-2,6-dioxabicyclo[3.2.0]heptan-1-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 53263-38-0
• 化学式: C₁₀H₁₃N₃O₅
• 分子量: 255.23
• InChiKey: BEZUAMSJTJZOQS-VPCXQMTMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.5
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  118
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(1,3-anhydro-β-D-psicofuranosyl)cytosine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 三甲基氯硅烷 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 19.5h， 生成 Succinic acid mono-[(1R,3R,4R,5R)-3-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-1-(4-isobutylamino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-2,6-dioxa-bicyclo[3.2.0]hept-4-yl] ester
  参考文献：
  名称：

  Antisense oligonuclotides with oxetane-constrained cytidine enhance heteroduplex stability, and elicit satisfactory RNase H response as well as showing improved resistance to both exo and endonucleasesElectronic supplementary information (ESI) available: RNA cleavage kinetics. See http://www.rsc.org/suppdata/ob/b2/b210163g/

  摘要：

  与相应的-修饰的反义寡核苷酸[1′,2′-氧杂环丁烷约束胞苷、1-(1′,3′-O-脱水-β-D-二十呋喃糖基)胞嘧啶]相比，我们通过靶向 15 聚体互补 RNA 评估了它们的反义潜力。虽然修饰的混合 AONs 每修饰一次，其混合 AON-RNA 双链体的熔点（Tm）就会下降 3 ℃，但与原生 AON-RNA 双链体相比，它们是 RNase H 的良好底物。经过双重修饰和 3′-DPPZ（二哒嗪）共轭的 AON 显示，混合双链体的 Tm 与原生双链体一样高，而 RNase H 的活性与其未共轭的对应物一样好。RNase H裂解的详细迈克尔斯-门顿动力学分析表明，单修饰和双修饰的AON-RNA双链体以及与3′-DPPZ一起双修饰的AON-RNA双链体的催化活性（kcat）接近原生双链体。然而，RNase H的结合亲和力（1/Km）随着修饰数目的增加而略有下降，这导致修饰的AON-RNA双链体的有效酶活性（kcat/Km）降低。所有经过氧杂环丁烷修饰的 AON-RNA 杂交体都显示出 Tm 与 1/Km、Vmax 或 Vmax/Km 的相关性。与原生AON相比，改性AON（含3′-DPPZ）对内切酶和外切酶降解的耐受性更强（基于氧杂环丁烷-糖和DPPZ的AON对K562细胞生长无毒，参考文献）。因此，在外切酶和内切酶的稳定性与异质双链的热稳定性、RNase H 的招募能力和裂解能力之间找到了平衡点，以氧杂环丁烷约束的胞苷结合 AONs 作为具有完全磷酸骨架的潜在反义候选物，可用于进一步的生物学评估。

  DOI：

  10.1039/b210163g
• 作为产物：
  描述：

  4-Amino-1-((1R,3R,4R,5R)-4-benzyloxy-3-hydroxymethyl-2,6-dioxa-bicyclo[3.2.0]hept-1-yl)-1H-pyrimidin-2-one 在 palladium on activated charcoal 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 24.0h， 以62%的产率得到1-(1,3-anhydro-β-D-psicofuranosyl)cytosine
  参考文献：
  名称：

  嘧啶 1',3'-脱水-β-d-psico-和-山梨-呋喃糖基核苷的合成

  摘要：

  已经开发了一种分别合成嘧啶 1',3'-脱水-β-D-psico-和-山梨-呋喃糖基核苷 2 和 3 的新方法。此处描述的方法采用易于获得的 O 2 ,3'-脱水-β-D-呋喃果糖尿嘧啶 (1) 作为关键起始化合物。

  DOI：

  10.1055/s-2005-871547