Discovery of a PDZ Domain Inhibitor Targeting the Syndecan/Syntenin Protein–Protein Interaction: A Semi-Automated “Hit Identification-to-Optimization” Approach
作者:Laurent Hoffer、Manon Garcia、Raphael Leblanc、Mikael Feracci、Stéphane Betzi、Khaoula Ben Yaala、Avais M. Daulat、Pascale Zimmermann、Philippe Roche、Karine Barral、Xavier Morelli
DOI:10.1021/acs.jmedchem.2c01569
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reactions, constrained docking, and automated compound evaluation. To validate its utility, we applied our DOTS strategy to the challenging target syntenin, a PDZ domain containing protein and oncology target. Herein, we describe the creation of a “best-in-class” sub-micromolar small molecule inhibitor for the second PDZ domain of syntenin validated in cancer cell assays. Key to the success of our DOTS
通过基于片段的方法快速识别早期命中以及随后的命中到先导优化代表了药物发现的挑战。为了应对这一挑战,我们创建了一种称为“DOTS”的策略,该策略将分子动力学模拟、基于计算机的库设计 (chemoDOTS) 与编码药物化学反应、约束对接和自动化合物评估相结合。为了验证其实用性,我们将我们的 DOTS 策略应用于具有挑战性的目标 syntenin,这是一个包含蛋白质和肿瘤学目标的 PDZ 结构域。在此,我们描述了在癌细胞检测中验证的 syntenin 的第二个 PDZ 结构域的“同类最佳”亚微摩尔小分子抑制剂的创建。我们的 DOTS 方法成功的关键是在命中识别阶段整合蛋白质构象采样,以及在整个优化过程中设计化合物的合成可行性排名。这种方法可以广泛应用于具有已知 3D 结构的其他蛋白质靶标,以快速识别和优化作为化学探针和治疗候选物的化合物。